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MacOSXでBLASTすると結果が表示されない トピック削除
No.105-TOPIC - 2004/10/12 (火) 03:14:16 - 初心者
このHPの「MacOSXでBioinformatics入門」と、関連の書籍を参考にBLAST stand aloneに挑戦してみました。が、しかし、何度やっても表示される結果が真っ白です。
lsやらなにやらで見てみると、必要なものは入っており、.ncbircも作成されているのですが、何がいけないのでしょうか?検索をかけたい配列を決まった形式で保存しなけらばならないとか、何かヒントになるようなことをご存知の方、いらっしゃいましたら是非ご教授ください。
 
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ありがとうございます 削除/引用
No.105-4 - 2004/11/03 (水) 13:19:11 - 初心者
せっかくレスを頂いたのに、返事が遅れてしまって申し訳ありません。
BLASTですが、入力や出力の形式を変えても結果が全く表示されない、文字通り白紙のファイルが出力されておりました。
何を変えても変化がなかったので、AppleからA/G BLASTを落とし、データベースも再度ダウンロードしてformatdbし直したところ、動くようになりました。
設定などは同じようにしたのですけど、アプリケーションとデータベースのどちらがおかしかったのか、未だわかりません。
とりあえずスタートラインに立ててほっとしています。
まつざわさん、あかねさん、ありがとうございました。

blastについて 削除/引用
No.105-3 - 2004/10/26 (火) 00:42:01 - あかね
最近、初心者様と同じように、
maoOSXでblastシステムの立ち上げを行いました。
私はunixの初心者で、unixの知識もそれ程多くはありませんでしたが、
実験の合間にUNIXの勉強を初めて1ヶ月経ち、ようやくblastが動かせるようになりました。
unix初心者どうし、同じような問題、悩みを抱えていると思います。
(ちなみに、私も「macOSXでbio...」を購入し、参考にしています)

blastの問題はもう既に解決されたでしょうか?
もし、未解決なら、と思いまして。

真っ白? 削除/引用
No.105-2 - 2004/10/18 (月) 23:50:35 - まつざわ
真っ白ってどんな状態でしょうか?BLASTが正常に動作していても、設定したe-value以上のものしかHitしない場合、結果のファイル 〜.outは真っ白になりますが・・・。BLASTそのものは動作しているのでしょうか?

MacOSXでBLASTすると結果が表示されない 削除/引用
No.105-1 - 2004/10/12 (火) 03:14:16 - 初心者
このHPの「MacOSXでBioinformatics入門」と、関連の書籍を参考にBLAST stand aloneに挑戦してみました。が、しかし、何度やっても表示される結果が真っ白です。
lsやらなにやらで見てみると、必要なものは入っており、.ncbircも作成されているのですが、何がいけないのでしょうか?検索をかけたい配列を決まった形式で保存しなけらばならないとか、何かヒントになるようなことをご存知の方、いらっしゃいましたら是非ご教授ください。

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