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ドットブロット結果の読み取りに使えるフリーソフト
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No.212-TOPIC - 2006/07/28 (金) 10:17:00 -
名無し
ドットプロットハイブリダイゼーションの結果の読み取り
に使えるフリーソフトを探しています。
50x50のマス目上に計2500スポットがしてあり、発色ありor無し
の2値で結果が得られています。
これまでに数回実験をしており、目で読んでエクセルに入力していたのですが、
膨大な時間の消費に困りきっています。
どなたか、ドットの自動読み取りに適したフリーソフトを
ご存知でしょうか?
当方、windows or OSX user でphotoshop 7(win版のみ)は
ラボにあります。
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(無題)
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No.212-5 - 2006/07/28 (金) 14:05:10 - T
> 私の検索不足かもしれませんが、グリッドを作成し
> ブロットの位置を一括で認識させる機能などを
> 提供するプラグインがあるのでしょうか?
こんなのもあります。
http://www.gogglemarks.net/index.php?action=display&tag=microarray
(無題)
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No.212-4 - 2006/07/28 (金) 13:51:57 - T
http://www.tm4.org/index.html
のようなアレイ解析用のフリーソフトも利用できるかも。
(無題)
削除/引用
No.212-3 - 2006/07/28 (金) 13:17:32 -
名無し
Image Jは考えていたのですが、ブロットの位置を手動で
定義する必要があり、私の目的にはあわないと判断しました。
ブロット濃度を正確に測定する、といった目的には
良いと思うのですが。
私の検索不足かもしれませんが、グリッドを作成し
ブロットの位置を一括で認識させる機能などを
提供するプラグインがあるのでしょうか?
(無題)
削除/引用
No.212-2 - 2006/07/28 (金) 11:00:50 - T
そりゃあ ImageJ ではないでしょうか。
定番中の定番です。探せば使い方も色々出てくるはずです。
ドットブロット結果の読み取りに使えるフリーソフト
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No.212-1 - 2006/07/28 (金) 10:17:00 -
名無し
ドットプロットハイブリダイゼーションの結果の読み取り
に使えるフリーソフトを探しています。
50x50のマス目上に計2500スポットがしてあり、発色ありor無し
の2値で結果が得られています。
これまでに数回実験をしており、目で読んでエクセルに入力していたのですが、
膨大な時間の消費に困りきっています。
どなたか、ドットの自動読み取りに適したフリーソフトを
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