研究者のためのコンピュータフォーラム

  • 研究者同士のコンピュータに関する情報交換の場です。
  • 新しいテーマで話を始める場合、質問をする場合は「新しいトピックを作る」から書き込みをしてください。
  • 質問に対して解答できる方は是非、書き込んで下さい。
  • このフォーラムにふさわしくないと管理人が判断した投稿は予告なく削除します。

新しいトピックを作る | トピック一覧 | 研究留学ネットに戻る

このスレッドをはてなブックマークに追加このスレッドをはてなブックマークに追加

ClustalXの使い方 トピック削除
No.297-TOPIC - 2007/06/14 (木) 16:13:48 - S
ClustalXを自分のPC(MacOSX)にダウンロードし、'load seqences'で、FASTA形式で書いたファイルを入力しても、一部分の配列しか表示されません。アラインメントももちろんとれません。
なにが良くないのでしょうか?
配列を書いたファイルの形式(書き方)が良くないのでしょうか?
一応同じファイルを用いて、ゲノムネットやDDBJのClustalWでは普通に解析できます。
基本的なことですが、何がいけないのか、教えて頂けたら幸いです。
 
- このトピックにメッセージを投稿する -



3件 ( 1 〜 3 )  前 | 次  1/ 1. /1


ありがとうございます 解決済み 削除/引用
No.297-3 - 2007/07/13 (金) 22:09:32 - S
ご回答ありがとうございます。
教えていただいたようにやってみます。

改行コードが問題なのでは 削除/引用
No.297-2 - 2007/07/13 (金) 13:47:23 - JH
 これ,実は私も困っていて,ずっとクラシック環境のClustalWでお茶を濁していたのですが,先日たまたま解決できました.
 おそらくテキストファイルの改行コードが問題なのだと思います.マックだと普通改行コードがCR (Mac)というのになっていると思います.OSX版のClustalXは,この改行コードを認識できないみたいです.ですから,miやJeditなどのテキストエディタで問題のファイルを開き,改行コードをLF (UNIX)に変更して保存してあげると,OSX版のClustalXでも読み込めるようになると思います.

ClustalXの使い方 削除/引用
No.297-1 - 2007/06/14 (木) 16:13:48 - S
ClustalXを自分のPC(MacOSX)にダウンロードし、'load seqences'で、FASTA形式で書いたファイルを入力しても、一部分の配列しか表示されません。アラインメントももちろんとれません。
なにが良くないのでしょうか?
配列を書いたファイルの形式(書き方)が良くないのでしょうか?
一応同じファイルを用いて、ゲノムネットやDDBJのClustalWでは普通に解析できます。
基本的なことですが、何がいけないのか、教えて頂けたら幸いです。

3件 ( 1 〜 3 )  前 | 次  1/ 1. /1


パスワードを入力してチェックした記事を チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する
名前 
メール   アドレス非公開
   タイトル 
本文      
設定  クッキーを保存(次回の入力の手間を省けます)
上に上げない(トピックの一覧で一番上に移動させません)
解決(問題が解決した際にチェックしてください)
暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。
送信 

〔使い方〕
  • 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。
  • 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。
  • 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。