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プラスミド,プライマーなどのsample管理,情報管理 トピック削除
No.391-TOPIC - 2009/02/18 (水) 09:14:51 - mugimaki
いつも貴重な情報にお世話になっております.
プラスミド,プライマーの情報管理方法について皆様の
アイデア,実際をお聞きしたいと思います.

プラスミドやプライマーは,ストックする場所・箱もですが,
何であるかとか,どういう配列かとか,mapがどうだとか,
PCRのconditionがどうであるかとかとにかく情報量が多いです.

抗体や細胞ならexcelで表にしておくというのも手ですが,
プラスミドは配列,mapなど表にしておくには少々大変だったり、
またそのリンクを貼ったりするとそれはそれでなかなか手間です.

皆様はどのように管理していらっしゃるでしょうか.
ざっくばらんにお聞かせ下さい.また文献管理ソフトのような
何かいいソフトをご存じの方も紹介して下されば幸いです.
(私はmacを使用しておりますが,winでも構いません.)


先日営業の人が二次元バーコードで管理できるようなtubeを開発したと
持ってきていました.コンピュータを使ってサンプルから情報を管理する
必要,ニーズを痛感しました.
特に貴重な臨床検体などは実験した人が居なくなると分からないでは
もったいないですし,申し訳ないです.

何年か経つと自分の実験ですらなんだこれ?というのが出来てきます.
データのみならず,実際のsampleの方もいいアイデアがあればこちらに
書き込んで頂けると幸いです.低コストなら尚いいです.
 
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バイオ実験データの管理に 削除/引用
No.391-6 - 2009/08/11 (火) 15:43:24 - RSI
失礼します。
ソフトウェア ベンダーの(株)菱化システム と申します。

本件に「LabCollector」はいかがでしょうか。

http://www.rsi.co.jp/kagaku/cs/agilebio/index.html

「LabCollector」はInternet ExplorerやSafariなどのwebブラウザーから研究データを管理できます。1台のWindows PC にインストールすれば、あとはネットワークを通じて、さまざまなPC(Macも可)から利用できます。

プラスミドやプライマー、細胞株、配列情報、動物、文書ファイルをはじめとした管理モジュール(データの入れ物)が13種類もそろっていますので、簡単に使いはじめることができます。

無償トライアルができますので、よろしければ同ページの「トライアル版を申し込む」よりご連絡ください。

(無題) 削除/引用
No.391-5 - 2009/02/19 (木) 20:41:46 - T
> web上でというのは教室内にサーバーか何かを用意しているのでしょうか?

うちでは共通利用のマシンをホストとして使っています。他の作業に使うこともありますが、特にパフォーマンスに影響はありません。
特別なサーバーソフトの設定は必要なく、ネットワーク上の適当な1台のマシンでデータベースを開き、インスタントWeb公開の設定をしておけば、自動的にそのマシンがホストになります。あとはネットワーク上の他のマシンからIPアドレスやホスト名を利用してホストマシンにアクセスすればデータベースを閲覧・操作できます。
FileMaker Proでは確か同時に5台までアクセスできたはずです。

データベースの自作は簡単ですよ。Bento は使ったことがないですが、多分基本は同じじゃないでしょうか。データベースの連携等もマニュアルを少し読むだけでできました。わかりにくければ市販の解説本もありますし。
メーカーのサイトから試用版がダウンロードできるので、興味があればお試しください。

ちなみに、バーコードは例えば使用履歴を記録する必要がある場合などには有効です。手入力の手間と誤入力のリスクを減らすことができます。私の所では大学全体のルールとして化学物質等はバーコード管理する体制になっていますが、例えば毒物の使用記録を残すのに毎回コード番号を手入力するなんて考えたくもありません。プラスミドなどではあまり必要なさそうですが、貴重なサンプルを誰がいつ使用したか記録したい場合などはバーコードは役に立つでしょう。

(無題) 削除/引用
No.391-4 - 2009/02/19 (木) 19:56:18 - mugimaki
早速のお返事ありがとうございます.

T様
>Excel でも似たようなことは可能だと思いますが、入力や表示が対話的でわかりやすい、複数の条件>での検索なども簡単、種々のフォーマットで出力できる、Web 上でデータベースを共有して各自の >PC から入力できるなどのメリットは大きく、今ではなくてはならないツールになっています。

そうなんですよね.
Excelでも出来ないことはないですが,入力や表示形式が対話的で分かりやすいのを
求めていました.Web上でデータベースをというのもいいです.
貴重な意見ありがとうございます.

web上でというのは教室内にサーバーか何かを用意しているのでしょうか?
全体が共有できるのも魅力的です.


ザンギ様
おっしゃるとおり,確かにバーコードはメリット低そうですね.
コストとの兼ね合いから考えても・・・
複数のデータベースを合わせて参照できるというのは魅力的ですね.

お二人とも貴重な意見ありがとうございました.
自作とのことですが,結構難しそうですね.
取りあえずfilemakerから出ているbentoを個人的に持っているのでそこに
データ入力していますが,複数のデータベースを合わせたり,多人数と
共有したりは出来なさそうなので(実は出来るのかな?)filemakerというのは
有力なのかもしれませんね.


引き続き皆さんの管理方法を募集します.

僕もFilemakar 削除/引用
No.391-3 - 2009/02/18 (水) 11:05:05 - ザンギ
僕もFilemakarを使ってます。
必要ならば試料ごとに通し番号をつけて管理すればいいです。
Openoffice.orgにもデータベース機能がついてますが、Hypercard譲りのインターフェースに加えて参考書やフリーのテンプレートの入手性などの資産を考えれば現時点ではFilemakerがベストでしょうね。
データベースソフトですが、エクセルの論理関数やテキスト関数を使うスキルがあれば大丈夫です。

バーコード管理って、テキストを図形化することで高密度に記録できるようにしているだけなので、4〜5桁くらいの検体数なら通し番号を割り振るのと大差ないです。
プラスミドのチューブに薬剤耐性や、挿入配列の情報を書きたければ、良いラベルプリンターを導入すれば済むことです。
臨床検体などで余計な情報を試料に貼り付けると匿名化との問題も発生します。

バーコードは試料の処理をロボット化する時には便利でしょうけど、通常の用途には?です。

(無題) 削除/引用
No.391-2 - 2009/02/18 (水) 10:24:35 - T
私のグループでは自作の FileMaker Pro データベースで管理しています。

名前や日時、ストックの場所などの基本情報に加え、プラスミドなら作成手段(元になったプラスミド、使った制限酵素サイト等々)、組み込まれている遺伝子のリスト、マップ (PDF) や配列情報 (ApE ファイル)、およびその他の特記事項が記載されています。プライマーや細胞なども同様にそれぞれのデータベースを作っています。データベース相互の連携も組み込まれており、例えば PCR で作成したプラスミドのデータから使用したプライマーのデータをワンクリックで呼び出せます。

Excel でも似たようなことは可能だと思いますが、入力や表示が対話的でわかりやすい、複数の条件での検索なども簡単、種々のフォーマットで出力できる、Web 上でデータベースを共有して各自の PC から入力できるなどのメリットは大きく、今ではなくてはならないツールになっています。今のところ、全てひっくるめて数千件程度のデータを管理していますが、その限りでは特に不自由はありません。もっと大規模になればバーコード等による管理が必要になるかもしれませんが。

もちろん入力するには1件あたり数分の手間が必要ですが、それはどのような方法を取っても同じではないでしょうか?

プラスミド,プライマーなどのsample管理,情報管理 削除/引用
No.391-1 - 2009/02/18 (水) 09:14:51 - mugimaki
いつも貴重な情報にお世話になっております.
プラスミド,プライマーの情報管理方法について皆様の
アイデア,実際をお聞きしたいと思います.

プラスミドやプライマーは,ストックする場所・箱もですが,
何であるかとか,どういう配列かとか,mapがどうだとか,
PCRのconditionがどうであるかとかとにかく情報量が多いです.

抗体や細胞ならexcelで表にしておくというのも手ですが,
プラスミドは配列,mapなど表にしておくには少々大変だったり、
またそのリンクを貼ったりするとそれはそれでなかなか手間です.

皆様はどのように管理していらっしゃるでしょうか.
ざっくばらんにお聞かせ下さい.また文献管理ソフトのような
何かいいソフトをご存じの方も紹介して下されば幸いです.
(私はmacを使用しておりますが,winでも構いません.)


先日営業の人が二次元バーコードで管理できるようなtubeを開発したと
持ってきていました.コンピュータを使ってサンプルから情報を管理する
必要,ニーズを痛感しました.
特に貴重な臨床検体などは実験した人が居なくなると分からないでは
もったいないですし,申し訳ないです.

何年か経つと自分の実験ですらなんだこれ?というのが出来てきます.
データのみならず,実際のsampleの方もいいアイデアがあればこちらに
書き込んで頂けると幸いです.低コストなら尚いいです.

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