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並列シーケンスの解析ソフト トピック削除
No.433-TOPIC - 2011/01/15 (土) 11:01:00 - 310
GUIで動くような並列シーケンスの解析ソフトには、どのようなものがあり、価格はどのくらいでしょうか?

近い将来、大学内の施設で並列シーケンスを行う予定ですが、最初のアライメントはその施設で行います。そのデータの信頼度を評価したり、SNPやアリルを判定したり、同一配列のコピー数から発現予測ができる機能のあるソフトでお勧めのものがありましたら、お教えいただけないでしょうか?

目的は、超可変領域で見られるアリルの種類とそれぞれのコピー数を調べることで、材料はRNAから合成したcDNAを使います。またこれとは別にWhole-Transcriptomeの実験も予算が通れば行いたいと思っておりますので、pathwayデータベースやGenomeBrowserとの連携ができればなお結構です。

一年半前に出た講習会ではUNIXのコマンドラインの解析が中心で、ついていくのが精一杯でした。わずかな時間、GUIのソフトの説明があり、使いやすい印象が残っています。

詳しい情報が得られる、Web,文献、書籍なども教えていただければ、ありがたく思います。虫のいい話とは思いますが、よろしくお願いいたします。
 
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並列シーケンスの解析ソフト 削除/引用
No.433-1 - 2011/01/15 (土) 11:01:00 - 310
GUIで動くような並列シーケンスの解析ソフトには、どのようなものがあり、価格はどのくらいでしょうか?

近い将来、大学内の施設で並列シーケンスを行う予定ですが、最初のアライメントはその施設で行います。そのデータの信頼度を評価したり、SNPやアリルを判定したり、同一配列のコピー数から発現予測ができる機能のあるソフトでお勧めのものがありましたら、お教えいただけないでしょうか?

目的は、超可変領域で見られるアリルの種類とそれぞれのコピー数を調べることで、材料はRNAから合成したcDNAを使います。またこれとは別にWhole-Transcriptomeの実験も予算が通れば行いたいと思っておりますので、pathwayデータベースやGenomeBrowserとの連携ができればなお結構です。

一年半前に出た講習会ではUNIXのコマンドラインの解析が中心で、ついていくのが精一杯でした。わずかな時間、GUIのソフトの説明があり、使いやすい印象が残っています。

詳しい情報が得られる、Web,文献、書籍なども教えていただければ、ありがたく思います。虫のいい話とは思いますが、よろしくお願いいたします。

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