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大量のシークエンスのBLAST解析 トピック削除
No.100-TOPIC - 2004/09/17 (金) 14:02:38 - まつざわ
一つのシークエンスについて一つのファイルが作成されているので、全てのファイルに同じ拡張子をつけて、BLASTを自動化して行いたいと思っています。

こちらのMacOSXでBioinfomatics入門その3で紹介されている方法で検索を行うと結果のファイルもクエリのファイル数だけ現れることになると思います。

これらの結果をFilemakerProでデータベース化したいと思うのですが、結果を一つ一つインポートするのは膨大な時間を必要とするので、どうしたら良いでしょうか?

今まではシークエンスのファイルがMultifasta形式だったので、楽だったのですが・・・。

どなたか教えて下さい。
 
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Perl 解決済み 削除/引用
No.100-3 - 2004/09/17 (金) 15:49:42 - まつざわ
やはりPerlでするのがスタンダードだとは思ってはいたのですが・・・。
Perlを極力避けながら進んできたので、勉強しなくてはなりませんね。

BLUE Genesのページは、BLAST立ち上げ時からお世話になっています。
解説しているFilemakerのファイルをダウンロードできれば、
いいなあと思いながら、読んでいました。

紹介して頂いた2つの方法の両方を勉強してアプローチしてみます。

ありがとうございました。

perlを使えばできます 削除/引用
No.100-2 - 2004/09/17 (金) 14:41:19 - 管理人
私はPerlを使って、各塩基配列に対するBLASTの結果ファイルから欲しい情報(クエリー配列と、上位5個のサーチ結果など)を切り出し、そのあと、それらをまとめ上げて、一つのタブ区切りテキストファイルにしました。あとはファイルメーカーからそのテキストファイルを開ければ、ひとつのページにひとつの塩基配列のBLAST結果が表示されるという形のファイルメーカーデータベースが出来上がります。

もうひとつのアプローチとして、ファイルメーカーについている関数機能を使って、BLASTの結果から欲しい情報をを切り出すということも可能です。このアプローチでClontechの方がおこなったページがありますので、こちらも参考にしてみて下さい。
http://www.clontech.co.jp/bluegenes/bio/phase01_02.shtml

大量のシークエンスのBLAST解析 削除/引用
No.100-1 - 2004/09/17 (金) 14:02:38 - まつざわ
一つのシークエンスについて一つのファイルが作成されているので、全てのファイルに同じ拡張子をつけて、BLASTを自動化して行いたいと思っています。

こちらのMacOSXでBioinfomatics入門その3で紹介されている方法で検索を行うと結果のファイルもクエリのファイル数だけ現れることになると思います。

これらの結果をFilemakerProでデータベース化したいと思うのですが、結果を一つ一つインポートするのは膨大な時間を必要とするので、どうしたら良いでしょうか?

今まではシークエンスのファイルがMultifasta形式だったので、楽だったのですが・・・。

どなたか教えて下さい。

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