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フリーの遺伝子解析ソフト トピック削除
No.129-TOPIC - 2005/04/05 (火) 05:38:04 - 困った
どなたかフリーの遺伝子解析ソフトをご存じでしたら教えてください。遺伝子の制限酵素地図作成,プライマーやプローブのデザイン,シークエンスのアライメント等を行いたいのですが,現在所属の研究室に遺伝子解析ソフトがなくて困っています。ウェブ上で簡単な解析ができるサイトがあるとのことですが,もしご存じでしたらどなたか教えて頂けませんでしょうか?
 
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Windows用なら 削除/引用
No.129-4 - 2005/04/26 (火) 21:03:12 - JA
最近、新しい作業のために探し回ったのでちょっとコメントもつけて紹介しておきます。

ClustalW/ClustalX
http://www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html
アライメントツールの定番

BioEdit
http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html
個人的には定番ソフト。アライメントエディターですが、自分のPCでBLASTが簡単にできるのが便利。

FastPCR
http://www.biocenter.helsinki.fi/bi/bare-1_html/fastpcr.htm
プライマー設計ソフト。タイトル行にオプションを入れるのがポイント。MSエクセルに出力できるのが便利。

Chromas Lite
http://www.technelysium.com.au/chromas_lite.html
DNAシーケンサのデータビューワー。修正も出来るので塩基配列の確認程度ならこれで十分。

GeneDoc
http://www.psc.edu/biomed/genedoc/
アライメントエディタ。論文用作図の時に使ってます。

こんなとこでしょうか。全部フリーウェアです。

ありがとうございました。 削除/引用
No.129-3 - 2005/04/09 (土) 15:07:15 - 困った
このウェブ上にも遺伝子解析サイトが収録されていたとは,灯台もとくらしですね。まずはウェブサイトでの解析を試してみます。教えて頂きありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.129-2 - 2005/04/05 (火) 12:53:07 - JA
研究用のツールはアカデミックで開発されることが多いので、商用ソフトで
なければ出来ないことなんてほとんどないと思います。G○NETYXなんてそうゆう
プログラムをかき集めてパッケージにしてるような印象すらあります。ネット時代
以前にはそれでも利用価値がありましたが...

フリーソフトで仕事をする場合にUNIXが使えるスキルと環境があれば理想的なん
でしょうが(私は使えませんが)、WindowsやMacでも大抵のことはできます。
MacはOSXになってからUNIXソフトの移植(?)が速いのでベターかも。

>ウェブ上で簡単な解析ができるサイトがあるとのことですが,もしご存じでしたらどなたか教えて頂けませんでしょうか?

http://www.kenkyuu.net/megalink.html
ここはご覧になりました?
自分で探して学ぶ努力さえあれば時間効率は悪いですが、ほぼなんでも出来
ると思いますよ。

足りない分は自分のPCの環境を書いて、目的を絞って再度質問してみては?

フリーの遺伝子解析ソフト 削除/引用
No.129-1 - 2005/04/05 (火) 05:38:04 - 困った
どなたかフリーの遺伝子解析ソフトをご存じでしたら教えてください。遺伝子の制限酵素地図作成,プライマーやプローブのデザイン,シークエンスのアライメント等を行いたいのですが,現在所属の研究室に遺伝子解析ソフトがなくて困っています。ウェブ上で簡単な解析ができるサイトがあるとのことですが,もしご存じでしたらどなたか教えて頂けませんでしょうか?

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