研究者のためのコンピュータフォーラム

  • 研究者同士のコンピュータに関する情報交換の場です。
  • 新しいテーマで話を始める場合、質問をする場合は「新しいトピックを作る」から書き込みをしてください。
  • 質問に対して解答できる方は是非、書き込んで下さい。
  • このフォーラムにふさわしくないと管理人が判断した投稿は予告なく削除します。

新しいトピックを作る | トピック一覧 | 研究留学ネットに戻る

このスレッドをはてなブックマークに追加このスレッドをはてなブックマークに追加

配列解析ソフトのパッケージを探しています トピック削除
No.135-TOPIC - 2005/05/15 (日) 19:39:36 - noby
シークエンスしたデータのアライメント、PCRプライマー設計、制限酵素地図などの配列解析のためのソフトウエアパッケージを探しています。フリーのWEBサイトでの解析をやってみたのですが、便利なもの(特にシークエンスの生データをつかったアライメントに便利なもの)が見つかりません。

GENETYXは高価(40万円近い値段)なので、もっと安価なソフトパッケージを探しています。もし、十数万円で買える便利なソフトパッケージをご存知の方がいらっしゃったら教えてください。
 
- このトピックにメッセージを投稿する -



8件 ( 1 〜 8 )  前 | 次  1/ 1. /1


Geneious 削除/引用
No.135-8 - 2009/03/25 (水) 14:46:54 - Mission E
Geneious Pro (http://www.geneious.com/)
安価($495)な割りに多機能.
RNAの解析はできませんが、

1. Sequence analysis (波形データ読み込み&contig assembly)
2. Database search (NCBI search, PubMed, PFAM etc)
3. Protein sequence (MW, pI, 2ndary structure etc)
4. Structure (importing PDB file)
5. Multiple alignment & tree
6. EMBOSS tool
7. 他、plug inにより多くの機能解析ソフトが追加できます.

Geneious basic(機能限定)はfreeで使用できます.

IdentityX 削除/引用
No.135-7 - 2008/09/04 (木) 18:38:28 - けい
Mac 専用のフリーウェアです。
かなり使えます。

http://home.hiroshima-u.ac.jp/kei/IdentityX/index.html

いまさらですが 削除/引用
No.135-6 - 2007/08/01 (水) 18:28:02 - ごんべぇ
http://www.clcbio.com/index.php?id=534

↑これいいっすよ。フリーで、WIN、MAC問わずに動きます。

IMC 削除/引用
No.135-5 - 2005/06/29 (水) 12:45:23 - hoge
Insilico Molecular Cloningという統合ソフト。
http://www.insilicobiology.co.jp/

お薦めのDNA解析ソフト 削除/引用
No.135-4 - 2005/06/03 (金) 17:08:41 - いけいけ
自分は、シークエンスデータとテンプレートをPCの画面上でアラインさせてから、それぞれのクローンの中のちょっとした変異やシークエンサーの読み間違いをPCの画面上で処理するので、塩基のナンバーが印刷されないということには全く違和感を持ちませんでした。というわけで、なんの不満も無く現在も使用中です。

ちなみに、DNADynamoのウェブサイトによると、何か自分にとって不都合な点があればメールをください、できる限り改善させていただきます、と書いてあります。自分が半年ほど前にもらったデモ版は、蛋白同士のアラインができなかったので、「蛋白同士のアラインもできるようにしてくれ」とメールを書いたら、2日後に改良版が送られてきました。(当然、現在のDNADynamoには標準整備です。)というわけで、デモ版を送ってきてくれたメールアドレスに、「塩基配列も付けてちょうだい」と書けば、しばらくすると改良したバージョンを送ってきてくれる可能性が高いと思います。その辺はかなり柔軟性があるのではないでしょうか。メールを書いた後の対応も非常に親切だったし、レスポンスも速かったので、自分は満足していますが。

いけいけ

(無題) 削除/引用
No.135-3 - 2005/06/03 (金) 00:35:03 - noby
いけいけさん

レスを有難うございます。私もDNADynamoを使用してみましたが、シークエンスした結果を、元の配列と突合せ(アライメントして)、印刷したら、塩基配列の番号が同時に印字されず、結局は使用をあきらめました。いけいけさんは、このような問題はありませんでしたか?

DNADynamo 削除/引用
No.135-2 - 2005/05/21 (土) 14:37:47 - いけいけ
自分も同じことで悩んでいましたが、最近はいいソフトを見つけて悩みがすっかり解消されました。その名はDNADynamo。この名前をgoogleに入れれば、ウェブが見つかります。1ヶ月無料のデモモードももらえるので安心です。2万円ぐらいなのにABIのソフトも見れるし、簡単なアライメントもできるし、めっちゃ便利です。お薦め。

いけ

配列解析ソフトのパッケージを探しています 削除/引用
No.135-1 - 2005/05/15 (日) 19:39:36 - noby
シークエンスしたデータのアライメント、PCRプライマー設計、制限酵素地図などの配列解析のためのソフトウエアパッケージを探しています。フリーのWEBサイトでの解析をやってみたのですが、便利なもの(特にシークエンスの生データをつかったアライメントに便利なもの)が見つかりません。

GENETYXは高価(40万円近い値段)なので、もっと安価なソフトパッケージを探しています。もし、十数万円で買える便利なソフトパッケージをご存知の方がいらっしゃったら教えてください。

8件 ( 1 〜 8 )  前 | 次  1/ 1. /1


パスワードを入力してチェックした記事を チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する
名前 
メール   アドレス非公開
   タイトル 
本文      
設定  クッキーを保存(次回の入力の手間を省けます)
上に上げない(トピックの一覧で一番上に移動させません)
解決(問題が解決した際にチェックしてください)
暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。
送信 

〔使い方〕
  • 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。
  • 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。
  • 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。