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Blast検索のQuery配列が変化する
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No.215-TOPIC - 2006/08/14 (月) 22:44:58 -
T168
初歩的な質問かもしれません。
BlastNで検索を行うと、結果に表示されるQueryの一部(一塩基の繰返し配列の場合に多いのです)が'n'の連続に変化してしまい、正しい結果を得ることができません。
同じように、BlastPで検索を行うと、結果に表示されるQueryの一部が'X'の連続に変化してしまうことがあります。こちらの場合は、繰返し配列は関係なさそうです。
どのようにしたら、正しい結果が表示されるのでしょうか?
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No.215-3 - 2006/08/15 (火) 09:20:47 -
T168
納得しました。ありがとうございます。
(無題)
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No.215-2 - 2006/08/14 (月) 23:17:00 - 重吉
それは頻出配列なのでマスクをかけたほうがより有意な検索結果を示せるのでそういった設定になってるんだと思います。
DDBJのサイトに解説が載ってます。
http://www.ddbj.nig.ac.jp/search/help/blast_help.html#filter
マスクしないと無意味な結果を表示するためのサーバーの負荷がかかっていいことないですよ。
もしアライメントを表示させたいのでしたらClustal等を利用しましょう。
Blast検索のQuery配列が変化する
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No.215-1 - 2006/08/14 (月) 22:44:58 -
T168
初歩的な質問かもしれません。
BlastNで検索を行うと、結果に表示されるQueryの一部(一塩基の繰返し配列の場合に多いのです)が'n'の連続に変化してしまい、正しい結果を得ることができません。
同じように、BlastPで検索を行うと、結果に表示されるQueryの一部が'X'の連続に変化してしまうことがあります。こちらの場合は、繰返し配列は関係なさそうです。
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