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統計解析ソフトR　randomForest トピック削除
No.359-TOPIC - 2008/08/06 (水) 09:32:32 - SE
R を使って、集団学習のひとつである Random Forest 法に挑戦しました。
データはCSVファイル（cd_rf.csv）で以下のように１行目がヘッダで第１〜６列がデータ、第７列（status）が教師シグナル(-1 OR 1)になっています。

MAP Linda,S23 IgG,Red Star IgG,Bakers IgA,Red Star IgA,CA IgA,E faecalis,status
0.255048271,0.061732594,0.025085013,0.103566194,0.012575701,0.051569017,0.449583816,-1
0.269702681,0.100519062,0.106106155,0.332437714,0.022432332,0.078892899,0.528922137,-1
0.363834506,0.106774655,0.177443201,0.074255007,0.010397355,0.069219808,0.245495733,-1
：

このデータを使って以下のように解析を始めたのですが、classification でなく regression のモードになってしまいます。もし解決法（classification モードにする方法）をご存知でしたらご教示ください。

> library(randomForest)
randomForest 4.5-25
Type rfNews() to see new features/changes/bug fixes.
Warning message:
package 'randomForest' was built under R version 2.6.2
> cdtrain<-as.matrix(read.csv("myData/cd_rf.csv",header=T))
> is.matrix(cdtrain)
[1] TRUE
> cd.rf<-randomForest(status~., data=cdtrain,na.action="na.omit")
Warning message:
In randomForest.default(m, y, ...) :
The response has five or fewer unique values. Are you sure you want to do regression?
> cd.rf$type
[1] "regression"

サイト１に紹介されている例（Rに組み込まれているspamデータを解析）は問題なく実行できましたので、どうもデータ読み込みなど基本的な部分で失敗している気がします・・・。

<参考にしたサイト>
１）http://www1.doshisha.ac.jp/~mjin/R/0603_32.pdf
２）http://cran.r-project.org/web/packages/randomForest/randomForest.pdf
　
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SVM による判別 削除/引用
No.359-3 - 2009/07/30 (木) 22:49:46 - ガウリ
統計ソフトRでSVMを用いて判別分析を行ったのですが、各クラスへのウエート(Weight)を表示させる方法を探しています。ご存知の方がいましたら是非教えてください。

解決 解決済み 削除/引用
No.359-2 - 2009/01/08 (木) 06:01:27 - SE
RWiki.jp にて解決策を教えていただきました。ご参考までにコマンドを載せます。３行目がミソでした。

> library(randomForest)
> cdtrain<-as.matrix(read.csv "myData/cd_rf.csv",header=T))
> cdtrain$"status" <- as.factor(cdtrain$"status")
> cd.rf<-randomForest(status~., data=cdtrain,na.action="na.omit")

統計解析ソフトR　randomForest 削除/引用
No.359-1 - 2008/08/06 (水) 09:32:32 - SE
R を使って、集団学習のひとつである Random Forest 法に挑戦しました。
データはCSVファイル（cd_rf.csv）で以下のように１行目がヘッダで第１〜６列がデータ、第７列（status）が教師シグナル(-1 OR 1)になっています。

MAP Linda,S23 IgG,Red Star IgG,Bakers IgA,Red Star IgA,CA IgA,E faecalis,status
0.255048271,0.061732594,0.025085013,0.103566194,0.012575701,0.051569017,0.449583816,-1
0.269702681,0.100519062,0.106106155,0.332437714,0.022432332,0.078892899,0.528922137,-1
0.363834506,0.106774655,0.177443201,0.074255007,0.010397355,0.069219808,0.245495733,-1
：

このデータを使って以下のように解析を始めたのですが、classification でなく regression のモードになってしまいます。もし解決法（classification モードにする方法）をご存知でしたらご教示ください。

> library(randomForest)
randomForest 4.5-25
Type rfNews() to see new features/changes/bug fixes.
Warning message:
package 'randomForest' was built under R version 2.6.2
> cdtrain<-as.matrix(read.csv("myData/cd_rf.csv",header=T))
> is.matrix(cdtrain)
[1] TRUE
> cd.rf<-randomForest(status~., data=cdtrain,na.action="na.omit")
Warning message:
In randomForest.default(m, y, ...) :
The response has five or fewer unique values. Are you sure you want to do regression?
> cd.rf$type
[1] "regression"

サイト１に紹介されている例（Rに組み込まれているspamデータを解析）は問題なく実行できましたので、どうもデータ読み込みなど基本的な部分で失敗している気がします・・・。

<参考にしたサイト>
１）http://www1.doshisha.ac.jp/~mjin/R/0603_32.pdf
２）http://cran.r-project.org/web/packages/randomForest/randomForest.pdf
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