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WinへのBLASTインストール トピック削除
No.417-TOPIC - 2010/03/04 (木) 16:09:43 - Pumpkin
コンピュータフォーラムには初めて質問させていただきます。
手持ちにいくつかのESTライブラリがあります。一方のESTライブラリをもう一方のESTライブラリに対してBLAST検索をさせたいと考えています。そこで、BLASTのプログラムをWin Xにインストールさせようとしています。が、これがうまくいきません。うまくいかないところは、コマンドプロンプトでのpathが通っているかの確認なのですが、「内部コマンド、外部コマンド、操作可能なプログラムまたはバッチファイルとして認識されていません」と出て先に進めません。PCに専門知識もなく、少しづつ先に進んでいるのですが、どなたか知識を分けてください。

操作としては、NCBIからWin32版をC:\Program Files\BLASTにDLしました。次にこれをダブルクリックして、bin, doc, アンインストーラーを展開させました。次にシステム環境変数の新規からBLAST_HOMEを作り、変数をC:\Program Files\BLASTとしました。次にシステム変数のPathを編集しました。編集には、;%BLAST_HOME%\binを追記しました。そして、コマンドプロンプトでblastallと入力しましたがエラーがでるというわけです。

些細なご指摘でもかまいませんのでよろしくお願いいたします。また、開示情報の不足などがあればすぐに出しますのでお願いします。
 
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I gat it 解決済み 削除/引用
No.417-9 - 2010/03/09 (火) 10:06:03 - Pumpkin
ザンギさん

本当に有難うございました。苦節1週間、local blastの実行に漕ぎつけました。しかし、ESTデータ2万対2万でBLASTかけたらフリーズしましたw。

目的を絞ってBLASTしていきます。Bioinfomaticsの能力がもっとあればという事象でしたが、こういうツールがあるおかげで研究が進みます。いずれは、lacal blastのインストを成功させたいと思います。

(無題) 削除/引用
No.417-8 - 2010/03/08 (月) 18:55:01 - ザンギ
BLASTのアルゴリズムはインデックスファイルを先に作らないといけません。

create a local nucleotide database

でインデックスファイルを作成できます。

実行する時に任意のmulti fastaを指定できます。
ファイルの場所はどこにあっても構いません。
インデックスをソフトが勝手に作ってくれます。

BioEdit 削除/引用
No.417-7 - 2010/03/08 (月) 17:39:31 - Pumpkin
ザンギさん

非常に有益なツールを教えていただいてありがとうございました。早速DLしたのですが、Local BLASTのDatabaseの追加の仕方がわかりません。フォルダの中にあるDatabaseという階層下のフォルダにntデータを入れても、表示されません。何か間違っているでしょうか。fna, fasta, fasのどの形式でも、データベースのところに表示されません。Query自体の読み込みは出来ているので、あたるデータが読み込めれば出来るのですが。

お助けいただけませんでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.417-6 - 2010/03/08 (月) 12:59:22 - ザンギ
僕も以前挑戦したんですが、挫折しました。
BioEditをインストールするとBLASTも入るので、これを使ってます。

だめでした 削除/引用
No.417-5 - 2010/03/08 (月) 12:56:48 - Pumpkin
SE様

せっかく有益な情報を教えていただきましたが、私の力不足故、解決することができませんでした。試行錯誤で挑戦していきます。

(無題) 削除/引用
No.417-4 - 2010/03/05 (金) 07:53:31 - Pumpkin
SE様

どうもありがとうございます。
頂いたURLの展開のようにやりましたので、インストーラーは起動したと思います。再度一から、URLの内容の通りに試してみます。

RE: WinへのBLASTインストール 削除/引用
No.417-3 - 2010/03/04 (木) 23:12:22 - SE
インストーラ(blast-x.x.xx-ia32-win32.exe)を起動されましたか?

3年ほど前にやったときの方法を書いたブログ記事があります(下のリンク)。古い情報でお役に立つかわかりませんが、ご参考まで。

http://blog.goo.ne.jp/senodiary/e/27c815e4fa8a3e56796f6cfd2fa306f7

WinへのBLASTインストール 削除/引用
No.417-1 - 2010/03/04 (木) 16:09:43 - Pumpkin
コンピュータフォーラムには初めて質問させていただきます。
手持ちにいくつかのESTライブラリがあります。一方のESTライブラリをもう一方のESTライブラリに対してBLAST検索をさせたいと考えています。そこで、BLASTのプログラムをWin Xにインストールさせようとしています。が、これがうまくいきません。うまくいかないところは、コマンドプロンプトでのpathが通っているかの確認なのですが、「内部コマンド、外部コマンド、操作可能なプログラムまたはバッチファイルとして認識されていません」と出て先に進めません。PCに専門知識もなく、少しづつ先に進んでいるのですが、どなたか知識を分けてください。

操作としては、NCBIからWin32版をC:\Program Files\BLASTにDLしました。次にこれをダブルクリックして、bin, doc, アンインストーラーを展開させました。次にシステム環境変数の新規からBLAST_HOMEを作り、変数をC:\Program Files\BLASTとしました。次にシステム変数のPathを編集しました。編集には、;%BLAST_HOME%\binを追記しました。そして、コマンドプロンプトでblastallと入力しましたがエラーがでるというわけです。

些細なご指摘でもかまいませんのでよろしくお願いいたします。また、開示情報の不足などがあればすぐに出しますのでお願いします。

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