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ImageJ 3D veiwerでのカラー表示法について トピック削除
No.419-TOPIC - 2010/04/22 (木) 05:09:15 - 3D
ZeissのLSMでz軸スタック画像を作成し、ImageJでの3D画像作成を試みています。
題名のプラグインを使用しているのですが、なぜかカラーにならず白黒の画像になってしまいます。
ちなみにJava3Dは、確認用のJava3Dexampleがきちんと開けるのでインストール出来ている様です。
exampleとして配布されているスタックを使用しても白黒のままなので、どこか基本的な条件設定の様に思うのですが、周囲に使用している人がいないため質問させて頂きました。
ちなみにOSはvista 32bit版です。

どうぞよろしくお願い申し上げます。
 
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No.419-8 - 2010/05/01 (土) 09:46:57 - qq
あなたもopen sampleからfly_brainをダウンロードして、Image 3DViewを確認しましたか?
fly brainは、RGBのスタックで、RGBスタックをImage3DViewに表示させると、RGBで表示されます。ところが、HyperStack imageであるconfocal-seriesをopen sampleで取り込んで表示させると、白黒で表示されています。最初のところで条件を設定するとカラー表示できるのかも知れませんが、デフォルトでは白黒です。
Zeissのスタックファイル形式がどうなっているのか判りませんが、使用チャンネルだけのHyperStackの可能性が高いのではないでしょうか?
HyperStackで表示させて、HyperStackControlから、全スタックをRGB変換したものならImage3DViewでカラー表示できると思いますが如何がでしょうか??

ありがとうございました 削除/引用
No.419-7 - 2010/04/30 (金) 14:51:24 - 3D
皆さん、問題ないようですね。。。
結局、職場のPC(XPです)へのインストールを依頼することにしました。
いずれにしても個人のPCで動かせると大変助かるのでJavaの件など確認してみたいと思います。

(無題) 削除/引用
No.419-6 - 2010/04/30 (金) 14:15:04 - ザンギ
僕のPCでもちゃんと表示できますよ。

Windows 7 64bit 日本語版です。
Javaは理由があって32ビット版を入れてます。

JavaソフトはプログラムとJavaのバージョンの整合性が厳しかったり、
インストールするディレクトリが厳しかったりしますので、そのあたりを
確認されては。

(無題) 削除/引用
No.419-5 - 2010/04/30 (金) 09:08:18 - どら
気になったので試してみたところカラー表示できました。
当方Vista32bit版、但し英語版です。
いくつか前のバージョンまではよかった気がするのですが、Vistaや7ではデフォルトのProgram Filesフォルダーなどへのインストールはダメだ、と書かれているので、そのあたりでは。

早速ありがとうございました 削除/引用
No.419-4 - 2010/04/22 (木) 14:45:57 - 3D
プログラムをダウンロードし直してやってみたのですが同様に白黒のままでした。
Vistaだからでしょうか。。。
volumeではなくsurfaceでやってみるとカラーになりますのでプログラムの問題なのかもしれませんね。
XPを扱えると良いのですが、ちょっと検討してみます。

(無題) 削除/引用
No.419-3 - 2010/04/22 (木) 12:48:50 - T
Windows XP 32bit でも全く問題ありませんでした。

(無題) 削除/引用
No.419-2 - 2010/04/22 (木) 11:41:58 - T
Mac OS X 32bit 版、64bit 版ですが、
Open Samples > Fly Brain をロードしておいて、Plugins > 3D > ImageJ 3D Viewer を選び、デフォルト設定のままで OK を押せば、普通にカラーで3D画像が表示されました。http://rsb.info.nih.gov/ij/plugins/3d-viewer/ に出ているものと同じです。座標軸は表示されませんでしたが。

もし同じ事をしても白黒なら、設定の問題ではなくプログラム自体の問題という事になるかと思います。とりあえず最新版の ImageJ をダウンロードし直してみてはいかがでしょうか。

ImageJ 3D veiwerでのカラー表示法について 削除/引用
No.419-1 - 2010/04/22 (木) 05:09:15 - 3D
ZeissのLSMでz軸スタック画像を作成し、ImageJでの3D画像作成を試みています。
題名のプラグインを使用しているのですが、なぜかカラーにならず白黒の画像になってしまいます。
ちなみにJava3Dは、確認用のJava3Dexampleがきちんと開けるのでインストール出来ている様です。
exampleとして配布されているスタックを使用しても白黒のままなので、どこか基本的な条件設定の様に思うのですが、周囲に使用している人がいないため質問させて頂きました。
ちなみにOSはvista 32bit版です。

どうぞよろしくお願い申し上げます。

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