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DNA解析ソフト
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No.5-TOPIC - 2001/03/30 (金) 23:04:41 - かめ
DNA解析ソフトはどのようなものをお使いでしょうか。
日本でよくみかけたGenetyxはアメリカでは全く見かけませんし、
実際、安定性や機能の面でそれほどすぐれたものとは思いません。
特にコンティグのアルゴリズムが他のソフトに比べてよくないと
思います。
米国ではGeneWorksによく似たMacVector, 日立のソフトDNASISなど
がよく使われているようですが、Vector NTIと呼ばれるものがこれから
主流になるのではといううわさもあります。
しかし、Vector NTIって使いこなせない。。
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インストーラーを上書きしたら出来ました。
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No.5-23 - 2006/10/05 (木) 04:15:17 - 一産婦人科医
インストーラーを上書きしたら難なくVNTIをインストールできました。
使えば使うほど壊れるWINは本当だと再認識させられました。
どうもありがとう御座いました。
ありがとう御座います
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No.5-22 - 2006/10/05 (木) 04:02:55 - 一産婦人科医
早速のお返事ありがとう御座います。
ではもう一度インストーラーを綺麗に書き換えてからトライしてみます。
VectorNTI
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No.5-21 - 2006/10/04 (水) 16:38:55 - 重吉
XpProにDLしたばかりのVNTIをインストールしてみました。
インストーラーのバージョンは3.1ですが大丈夫でしたよ。
他に原因がありそうですね。
Vector NTIのインストールについて。
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No.5-20 - 2006/10/02 (月) 23:14:32 - 一産婦人科医
Vector NTIを最近Win XP PROへインストールした方に質問があります。
ダウンロード後にインストールしたのですが途中で止まってしまいます。
メッセージを見るとインストーラーに必要なランタイムが入っていないと聞いてきます。(Error1720とでますが、インビのホームページのFAQには寝ぼけたことしか書いてありませんでした。)
マニュアルを見るとインストーラーをバージョン2にしろと書いてあるのですが、XPでは既に3.1になっているはずです。
インストーラーをダウングレードしないといけない物なのでしょうか?
よろしくお願いします。
MacVector
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No.5-19 - 2006/09/29 (金) 10:31:00 -
Kimura
幾つか試しましたが、どうしてもMacVectorから離れられません。
最大の特徴は、annotation(という言葉で良いのかな?)の持ち運びができるという点です。
例えば、とあるplasmidのcDNAの部分をcDNAと、promoterの部分をpromoterと登録しておきます。そうすると、対応するシークエンスをcopyして新しいfileにペーストすると、cDNAとかpromoterとかの情報もそのまま新しいfileに持ち込まれるのです。
この機能がないと、切り貼りして新しいfileを作るたびにどこが何で、、、と情報を入れ直さなければなりません。
1ヶ月間、全機能(印刷・保存を含む)を試す事ができます。また、ほとんどマニュアルを見ずに使えるようになった事もポイントでした。
Rosettaでも使えるはずです。
お試しください。
ConstructMaster
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No.5-18 - 2006/07/26 (水) 04:46:37 - em
ちょっと前に、日経のBiotechnology Japanのニュースで見かけた国産ソフトです。私が見たときにはベータ版を公開し始めてました。
ConstructMaster
http://www.symplus.co.jp/
ダブルクリックで制限処理やメチル化ができ、突出末端やリン酸基がそのまま表示されるので、使い易いと感じました。
形質転換すると、genotype(dam, dcmなど)によるメチル化を受け、切断できなくなるあたりがマニアック。
Windows版しかないのですが、操作が簡単なのと日本語で使えるあたりが気に入ってます。
ApE- A Plasmid Editor
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No.5-17 - 2006/05/27 (土) 23:51:34 -
KN
ApEというフリーのソフトは、Vector NTIほど多機能ではありませんが、シンプルでかつ、Windows版、Mac OSX版、Linux版とあり、使えると思います。
http://www.biology.utah.edu/jorgensen/wayned/ape/
電話しました
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No.5-16 - 2006/05/13 (土) 18:05:35 -
TY
私はInvitrogen Japanに電話で問い合わせました.
電話番号はウェブサイトに載ってます.
日本では,諸事情?があってまだサービスを始めていない,とのことでした.
しかし,メールアドレスを伝えたところ,テンポラリーのシリアルナンバーを教えてもらえました.
期間限定ですが,延長することもできる,とのことでした.
また,複数のマシンで同一の番号を使ってもよい,と言われました.
ご参考までに.
>[Re:15] KKKさんは書きました :
> このソフトウェアを入手しようと思い、登録をしようとしたのですがどこから登録をして良いか分かりません。どなたかご教授いただけないでしょうか?よろしくお願いいたします。
登録について
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No.5-15 - 2006/05/12 (金) 11:35:54 - KKK
このソフトウェアを入手しようと思い、登録をしようとしたのですがどこから登録をして良いか分かりません。どなたかご教授いただけないでしょうか?よろしくお願いいたします。
vector NTI アカデミック版
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No.5-14 - 2006/04/26 (水) 01:48:21 - アップル
ウェブで登録したら、本当でアカデミックにポジションを持っているどうか確認の電話がかかってきました。その後、メールで登録キーの取得方法が送られてきました。
VectorNTI
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No.5-13 - 2006/04/25 (火) 20:07:58 - T
でも Tiger では使える見込みがないんですよね...
http://www.invitrogen.com/content.cfm?pageid=11368
VectorNTI
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No.5-12 - 2006/04/25 (火) 18:00:20 - じゃーこ
使ってます。私自身は企業で使っているので会社がライセンス契約しているようです。私の夫は官公庁研究所ですが、インビトロジェンに直接問い合わせて、送ってもらったらしいです。無料になったのが最近なので、以前高額な料金を支払って購入したお客さんの手前、また、販売会社が別会社?なのでそこの利益がなくなるということもあり、大々的に配れないようです。
ただ、3ヶ月ごとに新しいIDを登録しなければならず、せこい!!!と夫は言っておりました。
使い勝手は最高にいいです。こんなに使いやすいソフトはこれまで使ったことありません。プラスミドの構成が視覚的にわかるのでおすすめです。
組み替えもいちいちコピペしなくても、「ここの制限酵素サイトとこっちの制限酵素サイトで切り貼りする」とフォームに入力すると勝手に作ってくれます。そのほかにもコンティグ、アライメントなどいろんな機能があります。ぜひ試してみてください。
http://www.w-fusion.co.jp/vnti.html
vectorNTIアカデミック版
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No.5-11 - 2005/12/09 (金) 20:26:23 - osewa
vectorNTIはinvitrogenのホームページでオンライン登録をしてvectorNTIフォーラムに参加することで、非商用目的に限り一年間の期限付きのライセンスがもらえるようです。(毎年更新可能らしい)
規約を斜め読みしたところ、アカデミック版はどうやらダウンロードできない(?)らしく一連の登録が済み次第、レジストキーもしくはアカデミック版パッケージが送られてくるみたいです。(まちがってたら補足お願いします)
自分は最近オンライン登録をしてみたのですが、確認の返信メールが一週間経っても返ってこず、問い合わせメールをしてみても返事がこない・・・・といった状況です。向こうに在住してないとダメってことなのかな??
どなたかうまく登録できた人いますか??
これは
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No.5-10 - 2005/10/14 (金) 23:22:38 -
ダウン
20日間のトライアルということですか?
ダウンロードしてそのまま使える訳ではないようですね。
VectorNTI
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No.5-8 - 2005/10/08 (土) 21:30:13 - 管理人
Invitrogenから無料でダウンロードできるようになっています。MacOSXはPantherまでで、Tigerのパッチはもうすぐ出るようです。
http://www.invitrogen.com/content.cfm?pageID=10352
Vector NTIが
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No.5-6 - 2005/10/08 (土) 20:14:53 -
ダウン
invitrogenから無料でダウンロードできると聞きました。
どなたか詳細ご存知の方教えてください。
解析ソフトについて
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No.5-5 - 2001/08/11 (土) 22:28:11 -
岩城 孝行
はじめまして。
Biowire.comというサイトにあるjerry fishというものがなかなか優れています。
こちらのテクニシャンにDNAストライダーのWIN版はあると聞いたら教えてくれました。どうか一度お試しください。
DNA解析ソフト
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No.5-4 - 2001/07/19 (木) 09:20:48 -
渡辺 徳
私のラボでは DNAstarというソフトを使用しています。数年以上も使用しなかったので良し悪しの判断が出来ませんが、少し英語で教えてもらえば初心者でも使用できるものです。
(無題)
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No.5-3 - 2001/05/31 (木) 11:14:31 -
ashi
freeのソフトだと思うのですが、BioEditってのはどうでしょうか。
http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html
DNA解析ソフト
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No.5-2 - 2001/04/10 (火) 05:00:15 - 管理人
かれこれ5年前ぐらいには、MacVectorとDNASISとGenetyxを併用していました。どれも一長一短があり、これだけで済むというわけには行きませんでした。最新バージョンの使用経験はないので、最近では改善されたのかも知れません。
http://www.kenkyuu.net/computer-05.html
に少し遺伝子解析ソフトウェアを増やしました。使用感などのレポートがあれば是非教えてください。
他の方から教えていただいたGene InspectorとGene Construction Kit 2はいかにもMacライクなソフトで結構良さそうに思います。
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