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BLASTで相同性配列の検索 トピック削除
No.61-TOPIC - 2003/06/23 (月) 23:57:10 - あかね
現在 ウイルスの塩基配列の一部と相同性の高いヒト遺伝子を
検索しようと思っています。
バイオインンフォマティクスとやらには全く疎く、
BLASTの使い方も良く知りません。
一度試しに、BLASTを使って検索してみたのですが、そのウイルスの配列がヒットするだけで、ヒト遺伝子はヒットしません。
ヒト遺伝子だけをサーチする方法は無いのでしょうか?

相同性の高い遺伝子を検索するのにBLAST以外では
ないでしょうか?

また、この様なBLAST操作をわかりやすく説明してくれるお薦めのサイト、あるいは書物などありましたら教えていただけないでしょうか?
 
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(無題) 削除/引用
No.61-3 - 2003/06/27 (金) 15:05:57 - あかね
なかなか反応がなかったので、
もう返事はないかとあきらめていたのですが、
てくら様 貴重なご意見有り難うございました。

BioTechnology Forumの方でも投稿してみます。

(無題) 削除/引用
No.61-2 - 2003/06/27 (金) 11:26:51 - てくら
BLAST は NCBI の Web からやっているんですよね。
検索するときに、生物種を選べます。

BLAST! ボタンの下の方に、「Limit by entrez query」 という行があり
その右のor select from の右の囲みで▼をクリックすると、
ずらっと生物種がでてきます。そこから選びましょう。

おすすめの書物ですが、基本的なものをひととおりなら
「できるバイオインフォマティクス」(中山書店)
いろいろなものをけっこう深くなら
「バイオデータベースとウェブツールの手とり足とり活用法」(羊土社)
がおすすめです。
大きな本屋があるのなら、そこで手にとって、納得した上で購入を。

Web は…
このページがリンクしているところ(バイオ研究MegaLinkのページ)とか
このページがリンクされているところをたどるといいかも。
Google で、「バイオ研究MegaLink」と検索してみては?

# こういうネタは、ここでなくて、BioTechnology Forum の方がいいかもしれないですね。

BLASTで相同性配列の検索 削除/引用
No.61-1 - 2003/06/23 (月) 23:57:10 - あかね
現在 ウイルスの塩基配列の一部と相同性の高いヒト遺伝子を
検索しようと思っています。
バイオインンフォマティクスとやらには全く疎く、
BLASTの使い方も良く知りません。
一度試しに、BLASTを使って検索してみたのですが、そのウイルスの配列がヒットするだけで、ヒト遺伝子はヒットしません。
ヒト遺伝子だけをサーチする方法は無いのでしょうか?

相同性の高い遺伝子を検索するのにBLAST以外では
ないでしょうか?

また、この様なBLAST操作をわかりやすく説明してくれるお薦めのサイト、あるいは書物などありましたら教えていただけないでしょうか?

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