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自分のPCでBLAST検索 トピック削除
No.98-TOPIC - 2004/08/31 (火) 14:51:19 - あかね
こんにちは
現在大量のBLAST検索を頻繁に行っていますが、
On lineで検索するとどうしても時間がかかるので、
BLAST検索を自分のPCで行いたいと思っています。
検索内容は遺伝子の相同性検索です。

市販のバイオインフォーマティックスの本を見たところ、
NCBIのFTPサイトからBLAST検索関係のSOFT & DATAがダウンロードできると書いてありました。
しかし、その本に書いてあるアドレス
(ftp://ftp.ncbi.gov/blast/executables/CURRENT/)
に移動しようとしてもそんなサイトは無いと表示されます。

次に、NCBIのホームページから直接FTPサイトに行き、
ダウンロードを試みたいのですが、
ソフトもデータもたくさんあり過ぎて、
どれをダウンロードしたらいいか分かりません。

自分のPCでBLASTを動かしたことのある方いらっしゃいましたら、
アドバイス等お願いします。
 
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スタンドアローンBLAST 削除/引用
No.98-6 - 2004/09/17 (金) 13:38:26 - まつざわ
あかね様

MacOS XでのスタンドアローンBLASTのセットアップなら、この研究留学ネットのサイト内に詳しく記載されています。http://www.kenkyuu.net/bioinfomatics-02.html

わたしもこれを参考にセットアップしました。
他の仕事をしている間でも寝ている間でもBLASTしてくれるので、
Webでするより格段に効率が良いです。
21bpの配列ならPower MacG5とA/G BLASTの組み合わせで、1000コ/日ぐらいです。

NCBIでは、複数のQueryをかけるとペナルティータイム?が加算されるため、
どんどん遅くなります。

何千個規模の検索にはやはり自前のBLASTを立ち上げた方が良いと思います。

有り難うございます 削除/引用
No.98-5 - 2004/09/06 (月) 11:17:58 - あかね
みうら様、sai様、重吉様、
アドバイス、ご意見有り難うございます。
インフォマッティックスにはかなり疎いので非常に勉強になります。

重吉様の紹介してくださったサイトを確認しました。
とても役に立ちそうな情報でしたので、
試してみようと思います。

有り難うございました。

BLAST 削除/引用
No.98-4 - 2004/09/05 (日) 18:33:41 - 重吉
PCのOSがMS Windows系でしたらBioEditというソフトに組み込まれているBLASTを使うのがいちばん簡単だと思います。ただ、NCBIの全配列に対して検索をかけられるかどうかはわかりません。PCの性能にも依存しますが、ソフトの仕様が対応してるかも確認していませんので。

Mac系だとこちらサイト内に情報がありますが、ごらんになりましたでしょうか?一度ご確認ください。
http://www.kenkyuu.net/biotech.html

(無題) 削除/引用
No.98-3 - 2004/09/03 (金) 14:30:53 - sai
「HomoEMail」を使う手もあります。

Re:自分のPCでBLAST検索 削除/引用
No.98-2 - 2004/08/31 (火) 17:44:27 - みうら
>[Re:1] あかねさんは書きました :
> 現在大量のBLAST検索を頻繁に行っていますが、
> On lineで検索するとどうしても時間がかかるので、
> BLAST検索を自分のPCで行いたいと思っています。
> 検索内容は遺伝子の相同性検索です。
自分のPCでは動かしたことありませんが・・・

「遺伝子の相同性検索」っていうんですから、Genbankのデータ
全部落とすんですか? 極一部だけでなく?
Genbankのデータって、全部で70G?以上あったと思いますけど。
そして日に日に増えています。

「On lineで検索するとどうしても時間がかかる」ということですが、
どこのサイトに何残基くらいの検索をかけているのですか?
「自分のPC」より、はるかに高性能のコンピュータで処理している
と思いますが。

私のいるところでは、解析ソフトとしてGCGを使っていますが、
データはもう維持すること自体が大変と言うことで、持つことは
やめました。もっぱらOn lineで検索しています。

自分のPCでBLAST検索 削除/引用
No.98-1 - 2004/08/31 (火) 14:51:19 - あかね
こんにちは
現在大量のBLAST検索を頻繁に行っていますが、
On lineで検索するとどうしても時間がかかるので、
BLAST検索を自分のPCで行いたいと思っています。
検索内容は遺伝子の相同性検索です。

市販のバイオインフォーマティックスの本を見たところ、
NCBIのFTPサイトからBLAST検索関係のSOFT & DATAがダウンロードできると書いてありました。
しかし、その本に書いてあるアドレス
(ftp://ftp.ncbi.gov/blast/executables/CURRENT/)
に移動しようとしてもそんなサイトは無いと表示されます。

次に、NCBIのホームページから直接FTPサイトに行き、
ダウンロードを試みたいのですが、
ソフトもデータもたくさんあり過ぎて、
どれをダウンロードしたらいいか分かりません。

自分のPCでBLASTを動かしたことのある方いらっしゃいましたら、
アドバイス等お願いします。

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