研究者のためのコンピュータフォーラム

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Zoteroha 削除/引用
No.91-45 - 2007/08/27 (月) 18:35:10 -

(無題) 削除/引用
No.91-44 - 2007/04/02 (月) 23:19:54 - セサミ
Firefox用のツールボタンをリリース(beta版)しました。

1クリックでジャーナルページへアクセスしたり、また、1クリックで現在表示しているページの登録が可能になります。

http://sesame.selfip.net/info/2007/04/42_1.html

良かったら使ってみてください。

(無題) 削除/引用
No.91-43 - 2007/03/22 (木) 22:12:42 - セサミ
No.91-37で紹介されたサイトの管理人です。

このサイトでは、研究活動に欠かせない情報検索を楽々快適にするための様々なサービスを提供しています。
ソーシャルブックマークの概念を基本にweb上で論文管理をするのですが、
論文、資料単位で公開/非公開の設定ができるように設計しており、
個人の論文管理ができるようになっています。

今回サイトをがバージョンアップしましたので、良かったら使ってみてください。

新バージョンでは、論文登録機能を充実させて、
・手持ちのPDFからPubMedリンクを自動的に作成したり、
・キーワード検索した論文を一括してブックマーク登録
などができるようになりました。
もちろん、Endnoteへのエクスポートも可能です。

詳しくは、↓こちら↓をご覧下さい。
http://sesame.selfip.net/sesame/

(無題) 削除/引用
No.91-42 - 2007/03/20 (火) 01:58:12 - SE
PDF ファイル管理ソフト Pubmed-P に幾つか機能を追加しました。もし良かったらお試しください。

http://www.geocities.jp/researcherinus/perl1

以下、追加した機能です。

・  リスト中の論文をクリックするとその情報(著者名、タイトル、要旨、コメントなど)が表示されます。
・  各論文にコメントをつけられます。
・  各論文のカテゴリを指定し、カテゴリごとに表示やソートが出来ます。
・  著者、タイトル、要旨、コメントを対象に検索が出来ます。

大変でした 削除/引用
No.91-40 - 2007/02/26 (月) 16:51:37 - ryu
> ところで、このソフトの場合、手持ちのpdfファイルの情報(Bibtex)を
> 登録させるためには、一つ一つファイルに対してpubmedから情報を取ってくる
> という作業を地道にするしかないのでしょうか?
> ipaperのようなファイル名を使った管理方法だと
> 移行がずいぶん楽なんですけど、現状では数百の文献を移すのは
> 大変な作業になりますね。

私の場合Papersで管理したいPDFが450程あって、空き時間を見つけてコツコツ1週間程かけながら地道にipaperから移行しました。
もっと所有しているpdfがあると大変ですが、今はとっても満足。
一応ipaperもpapersもしばらくは併用ですが、、、。

(無題) 削除/引用
No.91-39 - 2007/02/26 (月) 14:54:04 - さわの
わたしもPapers気に入っています。
リストで選ばれている文献が、となりの画面でPDFファイルとして
プレビューされるので助かりますね。

ところで、このソフトの場合、手持ちのpdfファイルの情報(Bibtex)を
登録させるためには、一つ一つファイルに対してpubmedから情報を取ってくる
という作業を地道にするしかないのでしょうか?

ipaperのようなファイル名を使った管理方法だと
移行がずいぶん楽なんですけど、現状では数百の文献を移すのは
大変な作業になりますね。

Papers 削除/引用
No.91-38 - 2007/02/26 (月) 13:46:55 - ryu
私もmekentosjのグループのPapersという論文管理ソフトにポチッとしました。Freeでないのは本当に残念ですが、使用感は結構いい感じです。N.Hさん以外にもポチッとした方いますか?

(無題) 削除/引用
No.91-37 - 2007/02/21 (水) 12:32:06 - おしゃ
CiteUlikeと似ているのですが、
ソーシャルブックマークの概念を使って、
web上で論文管理ができるツールがあるようです。
http://sesame.selfip.net/sesame/top_page.aspx

webベースで個人のデータベースをつくるのですが、
公開、非公開の設定ができるので、
共有に抵抗がある人でも使いやすいかと。

また、PDF以外にもPPTなど様々な種類のファイルを添付することも
出来ようです。

(無題) 削除/引用
No.91-36 - 2007/02/13 (火) 00:00:42 - 通りすがり
SEさんの開発されたスクリプトのおかげで、
適当なファイル名.pdf→PubmedID.pdf
の自動変換が可能となりました。

方法は、
No.91-32
を参考に、

ActivePerl 5.8、CAM::PDF::PageTextモジュール、
Text::PDFモジュール(←重要)、をインストール後、
リンク先の、doi2pmid_v3.pl を実行します。

私の環境では6割程度のファイルが正しく変換されており、
大助かりでした。

SEさん、多謝!!

エラーメッセージ 削除/引用
No.91-35 - 2007/02/11 (日) 11:49:59 - SE
通りすがりさん、

ご様子からすると PDF からテキストを抽出するあたりでエラーが起こりスクリプトが終了しているようです。コマンドラインからスクリプトを実行し(*)、出たエラーメッセージをメールしていただけますでしょうか?

追記: PNAS と JCB の PDF を試してみましたが私の環境では問題ありませんでした。PDF の1ページ目に DOI 情報のない論文は処理されませんが、それでエラーになることはありません。

(*) 手順
1)cd コマンドでディレクトリをスクリプト(と PDF ファイル)のあるところに移動。
2)>perl doi2pmid.pl

(無題) 削除/引用
No.91-34 - 2007/02/10 (土) 21:17:12 - 通りすがり
下の発言に対する自己レスです。

>ppmでCAM::PDFをインストールということが分からなくて

解決いたしました。コマンドラインでppmと打ち込み、GUIの画面から
インストールしました。 CAM::PDFがはじめの画面リストに入っていないので
view all package を選択して探す必要があります。

残念ながら、結果は同じくだめなようでした。
ちなみに、JCM, J BAC, PNAS等のファイルを試してみました。

(無題) 削除/引用
No.91-33 - 2007/02/10 (土) 18:26:13 - 通りすがり
SEさん、

夢のようなスクリプトを開発していただきありがとうございました。
いま、試しているところですが、PMDID.pdfが作成されません。
状況としては、以下のようなのですがいかがでしょうか?


ActivePerl-5.8.8.820-MSwin32X86-274739.msi
をダウンロードしインストールしました。

doi2pmid.plをPDFのあるフォルダ内に置きました。

ppmでCAM::PDFをインストールということが分からなくて
できなかったため、とりあえず、CAM-PDF-1.08.tgzをダウンロード・解凍し
中身のCAMフォルダーをperl/site/lib/に置きました。

PageText.pmをperl/site/lib/CAM/PDFに置きました。


結果ですが、スクリプトを実行すると、一瞬コマンドプロンプトの黒い画面が見え、
PMIDとdoi2pmid_log.txtが作成されます。

logの中身は
2007/2/10
となっています。


DOI.pdf
も試してみようと思ったのですが、DOI番号中に存在するスラッシュが
ファイル名として使えないためはじかれてしまうようです。

DOI -> PMID 削除/引用
No.91-32 - 2007/02/10 (土) 15:32:40 - SE
Perl で PDF から DOI を抽出してそれを使って PMID を取得、PDF ファイルを PMID.pdf という名で保存(コピー)するスクリプト書いてみました。以下のサイトの下のほうに doi2pmid.pl というリンクがありますのでそこをクリックしてください。

http://www.geocities.jp/researcherinus/perl1

表示されたテキストをエディタにコピペし、.pl を拡張子として PDF ファイルの入ったフォルダに保存し実行します。フォルダ内の全てのファイルが処理対象になります。pmid というフォルダが作成され、DOI が見つかったファイルについては pmid フォルダ中に PMID.pdf がコピーされます。スクリプトの実行には CAM::PDF::PageText モジュールが必要です。スクリプト内に説明があります。

Windows XP, ActivePerl 5.8 で数十ファイルを使って動作確認しましたが、先ほどここの投稿を見てから作ったものなのでご参考まで・・・

(無題) 削除/引用
No.91-31 - 2007/02/10 (土) 12:00:39 - 通りすがり
Tさん、

ほぼ完全な解答を教えてくださりありがとうございました。

スクリプトの知識はあまり無いので、余裕ができたら自分で勉強して
doi.pdf→pubmedID.pdf
を自動化できるようにしたいと思います。
できるようになったらやり方など報告いたします。

論文からDOIを自動的に抽出させるのは良いアイデアですね。

個人的には上記の二つができるソフトができれば1万円でもポチりそうです。


DOIは各論文に対してユニークに与えられていますので、
DOIをファイル名として管理するのは非常にリーズナブルだと
思います。

コンピュータサイエンスの学部生さんの卒業研究にでもならないものでしょうか。

細かい要望は自力で実現する! 削除/引用
No.91-30 - 2007/02/10 (土) 10:34:21 - T
DOI を打ち込むことができるなら、あとは自分でスクリプトを書いて自動化すればいいのでは。
例えば
http://simon.net.nz/articles/query-pubmed-for-citation-information-using-a-doi-and-python/
を元にした以下のような Python スクリプトを使えば、DOI を入力して PubMed ID を出力できます。
適当なファイル操作スクリプトを付け加えれば、doi.pdf を pubmedID.pdf に一括してリネームすることもできるでしょう。
あとは pubmedID.pdf を一括して iPapers に drag & drop すれば PDF ライブラリーの出来上がりです。(Windows の場合は知りません)
もっと工夫して PDF ファイル中から DOI を探し出すようにすれば、DOI を打ち込む必要すらなくなるかもしれません。

import urllib
from xml.dom import minidom

def get_citation_from_doi(query, email='YOUR EMAIL GOES HERE', tool='SimonsPythonQuery', database='pubmed'):
params = {
'db':database,
'tool':tool,
'email':email,
'term':query,
'usehistory':'y',
'retmax':1
}

url = 'http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?' + urllib.urlencode(params)
data = urllib.urlopen(url).read()
xmldoc = minidom.parseString(data)
ids = xmldoc.getElementsByTagName('Id')

if len(ids) == 0:
raise "DoiNotFound"

id = ids[0].childNodes[0].data
return id


if __name__ == '__main__':
from sys import argv, exit
citation = get_citation_from_doi(argv[1])
print citation

(無題) 削除/引用
No.91-29 - 2007/02/09 (金) 23:30:47 - 通りすがり
論文が沢山HDにあるのですが、どのpdfファイルも気ままな名前が
付けられています。

文献管理ソフトにそれらのファイルを登録して、bibtex情報をネットから
とってこさせることは可能でしょうか?

一つ一つ手作業でpubmedからpubmed ID調べたり、ダウンロードしなおすのは
つらすぎるので何かよい方法はないでしょうか。

DOIくらいなら入力する気にもなれるのですが、
DOIを使っている文献管理ソフトなどあるのでしょうか?

iPaperではなくPapers 削除/引用
No.91-28 - 2007/02/09 (金) 17:08:43 - N.H
最近Enzymexで有名なmekentosjのグループから
Papersという論文管理ソフトがでましたね。

http://mekentosj.com/papers/

残念な事にFree wareではないのですが、
機能としてはiPaperよりかなり優れていると思います。

私はPDFの全画面表示機能が気に入って、思わずポチってしまいました。

まだPublic previewなので、bugはたくさん含んでいますが、
将来性を非常に感じさせるアプリだと思います。

iPaperとEndNote 削除/引用
No.91-27 - 2007/02/08 (木) 05:37:13 - nobox
>理想としては、EndNoteのようなソフトで、クリックするとPDFファイルが表示される。

これEndNoteで実現してますね(EndNote 9 Mac版)。まだよく使ってないですが。
iPaperも動作は快適です。もう既にPDF fileがかなり貯まっているのでどちらを使うか
迷います。

EndNoteは自分でファイルを開くとパスが登録されます(Refference/Link to PDF)。

iPaperの方は管理に特化していて魅力ありです。勝手にファイリングします。どこに
実際貯まっていくのかは未確認です。

social bookmarkライク 削除/引用
No.91-26 - 2006/11/22 (水) 00:02:01 -
CiteUlikeというサイトで論文の管理とPDFの登録が可能です。
http://jp.citeulike.org/
同様のサイトにNatureの運営するconnteaがありますが、こちらはPDFの登録はできません。
http://www.connotea.org/
どちらも最近のはやりで、webベースに個人のデータベースをつくり、共有するので好き嫌いがあるかもしれません。

iTunes 削除/引用
No.91-25 - 2006/11/20 (月) 00:49:13 -
私はMac派なのでiPaperが一押しですが、
実は、iTunesでもPDFを管理できます!
iTunesならばWindowsでも利用できるので
いいかもしれません。

iPaperのようにpubmed idから自動的に
データを取ってきたりはできませんが、
文献整理には十分使えると思います。

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