Bio Technical フォーラム

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(無題) 削除/引用
No.241-2 - 2011/04/01 (金) 17:22:52 - cut
ちょっと状態がわかりかねますが
10ugというのも非常に多いような印象を受けます
1-2ugくらいで十分ではないでしょうか?
(制限酵素の余分な消費を避けるためにも)

もしmultiple cloning siteの中で二箇所切断して
その際に切れて出てくる数十baseを取り除くだけなら
ゲルカットしなくても単にQIAquickなどの一般的なDNA purification kitなら
100base以下のものは除かれるように思います

キアゲンのkitでのゲル抽出が上手く行かないのです 削除/引用
No.241-1 - 2011/04/01 (金) 15:12:24 - ぽんぽん
当方、医学部の2年生に分子生物学的実験を教える事になった者なのですが、非常に謎な現象が起こり、投稿させていただきました。

作業としては単純に、プラスミドを二種類の制限酵素で切り、アニーリングさせた合成オリゴを入れるという作業なのですが、どうにもうまくいきません。

プラスミドを10ug切らせて、電気泳動させると、極端に量が減っているのです。
(undigestのバンドは1/10量泳動して見えるのに、切ったサンプルは同じくらいのバンドの太さにしか見えない)

さらに、ゲル抽出させた後に測定させると、5ng/uL....

何回やっても変わりません。
酵素がかえられない事情があり、制限酵素のBufferを変えたり色々してみましたが、変わりません。激減します。

現在その学生の手順を見ると、どうも水にDNAseをコンタミさせた疑いが高くなってきました。水を換えて現在再トライ中ですが、どうにも煮詰まってしまい、棟来させていただいた次第です。

学生さんは自分の実験が上手く行かないので、段々不機嫌になってくるし、不機嫌な学生を見て教授は「お前の指導が悪い」と言うし、お手上げ状態なのです。

どなたか良い知恵をお貸しいただければ幸いです。
宜しくお願い致します。

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