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(無題) 削除/引用 No.6741-4 - 2018/03/08 (木) 11:42:29 - ミニオン xyz様 ありがとうございました。私もLinuxの扱いでつまづいた一人です。 似たところもあり、独自のツールを使う場合は当然異なってくるということですね。 現在の研究環境がロングリードのNGSにアクセスできないところなので、安価で入手できるMinIonは非常に興味をもっております。もう少し自分でも調べてみようと思います。

(無題) 削除/引用 No.6741-3 - 2018/03/05 (月) 19:05:55 - xyz Nanoporeの使用経験はありませんが、Hiseq等のデータ解析を普段やっているのでその立場から簡単に調べた上でのコメントです。 マッピングするのかアセンブルするのかで解析方法が大きく変わりますが 例えばbwaでマッピングするのであれば両者は良く似ており、Nanoporeリードでは'-x ont2d'オプションを追加するだけで(大雑把に言えば)基本的に同じです。 一方でNanopore等のロングリード用の解析ツールがいくつか開発されており、それを用いる場合はマッピングでもアセンブルでもHiseq等での解析とは異なるワークフローを辿ることになります。 ただし解析ツールが異なっていたとしても、全体の流れとしては両者は基本的に同じようなフローを進むことになります。 また、両者のリード方法の違いに基づき生データのフォーマットが異なっており、それぞれ扱い方（データ形式の変換やクオリティチェックの方法）が異なります。 どちらが難しいというよりは、マニュアルに従えばどちらも問題なく解析できると思いますが、そもそものLinuxコマンドの扱いで躓く人が多い印象があります。

Minionの使用経験 削除/引用 No.6741-1 - 2018/03/05 (月) 17:23:23 - ミニオン MinIonといっても可愛らしい方ではなく、Nanoporeが出しているNGSです。 当方 NGSの原理等は理解していますが、実際の解析等は初心者です。 MinIonは長鎖DNAやRNAのデータ解析に向いているそうですが、解析自体は難しいのでしょうか？ それともHiseq等に比べると簡単なのでしょうか？ 学部生のような質問で申し訳御座いませんが、Wet歴は15年以上あります。Dryは0です。 よろしくお願いいたします。

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