Bio Technical フォーラム

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データベースにないタンパクのPMF,切断ペプチドの予想 トピック削除
No.6511-TOPIC - 2017/12/06 (水) 15:06:13 - MS初心者
MS解析の初心者です。

データベースになく,自分がcDNAから一次構造を決定したタンパクがあります。
このタンパクを精製して,ペプチド・マス・フィンガープリンティング(PMF)によって同定したいと考えております。

切断されうる箇所は予測できるのですが,
実際の質量分析のm/zのピークとの対応を具体的にどのように進めればいいかで困っています。
どれくらい予想される切断パターンと一致すればいいのか?などが分かりません。

PMFの解析手法はマスコットサーチしかしらないもので,
どうか教えていただけないでしょうか?

ちなみに,調べたいタンパクは109残基で,トリプシンで切断されうる箇所は16箇所です。
 
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データベースにないタンパクのPMF,切断ペプチドの予想 削除/引用
No.6511-1 - 2017/12/06 (水) 15:06:13 - MS初心者
MS解析の初心者です。

データベースになく,自分がcDNAから一次構造を決定したタンパクがあります。
このタンパクを精製して,ペプチド・マス・フィンガープリンティング(PMF)によって同定したいと考えております。

切断されうる箇所は予測できるのですが,
実際の質量分析のm/zのピークとの対応を具体的にどのように進めればいいかで困っています。
どれくらい予想される切断パターンと一致すればいいのか?などが分かりません。

PMFの解析手法はマスコットサーチしかしらないもので,
どうか教えていただけないでしょうか?

ちなみに,調べたいタンパクは109残基で,トリプシンで切断されうる箇所は16箇所です。

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