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(無題) 削除/引用 No.6750-2 - 2018/03/09 (金) 13:53:50 - mon 基本的に培養癌細胞（株）では遺伝子増幅・欠失・変異が広範囲に起こっていますので、deep sequencingの必要性は、その分子の変異があなたの実験系でどの程度criticalかによりますね。 exonごとのdirect sequencingでは、遺伝子増幅があった場合頻度の低い変異を見逃す可能性がありますし、頻度の低いexon欠失は判定できません。 代替手段として、ｍRNAを調製＞cDNAからCDS全長の増幅>クローン化＞10-20クローン程度sequencingすれば、(言い訳する）情報として十分かもしれません。 EGFRなどは100コピー以上に増幅している細胞もありますので、変異EGFRが出来ている可能性はあります。

培養癌細胞株の体細胞変異 削除/引用 No.6750-1 - 2018/03/08 (木) 23:49:10 - ばぶみ 基本的な質問で申し訳ありません。培養癌細胞株で体細胞変異を検出する場合、単に細胞からゲノムDNA抽出を行い目的遺伝子のdirect sequencingでは不十分でしょうか、deep sequencingが必要でしょうか。ある分子について論文投稿をしたところ、その培養癌細胞で、その分子の変異がないかをdeep sequencingで調べなさいという査読者からのコメントがあり困っています。ご教示いただければ幸いです。

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