基本的に培養癌細胞(株)では遺伝子増幅・欠失・変異が広範囲に起こっていますので、deep sequencingの必要性は、その分子の変異があなたの実験系でどの程度criticalかによりますね。
exonごとのdirect sequencingでは、遺伝子増幅があった場合頻度の低い変異を見逃す可能性がありますし、頻度の低いexon欠失は判定できません。
代替手段として、mRNAを調製>cDNAからCDS全長の増幅>クローン化>10-20クローン程度sequencingすれば、(言い訳する)情報として十分かもしれません。
EGFRなどは100コピー以上に増幅している細胞もありますので、変異EGFRが出来ている可能性はあります。 |
|