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大腸菌のペレットがやや赤い トピック削除
No.7673-TOPIC - 2019/02/10 (日) 05:31:11 - 大腸菌
おはようございます。
大腸菌のペレットがやや赤いのですが、これはコンタミした何かが増えてきているのでしょうか?

昨日2つのコロニー(DH5アルファですが2つは別のプラスミド)をミディカルチャーしました。
十分増えたところで、一方はややオーバーグロースしたようですが...、5000gで遠心して100ml分のペレットを作製しました。

するとオーバーグロースさせなかったものに比べ、してしまった方では上澄み液がやや混濁しており(死菌?)ペレットがややピンキッシュでした。おかしいなと50mlチューブをフリフリしていたところ、なんとそのペレットがボロボロと崩れもしました。一方、通常通りの方ではまったくペレットは固いままです。

これは何かおかしいと思うのですが、やはりミディプレップはしないほうがいいでしょうか?
よろしくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.7673-2 - 2019/02/10 (日) 12:17:44 - おお
おそらくなにかコンタミしているような気がします。
大抵は大腸菌の増殖が早いのでプロカリオットに対する抗生物質に抵抗性があるFungiが混じっていてもまずは問題ない事が多いです。ま、匂いでわかったりします。

それでもFungiがドミナントになっている場合はおそらく最初に拾ったコロニーがすでにFungiにTake overされていた。組み込んだ遺伝子が大腸菌の増殖に影響して相対的にコンタミしたFungiがドミナントになっている。アンプなら何らかの理由で消費されるのが早くって効果がなくなってから他の菌が増えてきたなどが考えられます。プレイトにサイドストリークしてみる、顕微鏡で見てみる(哺乳動物細胞の培養用のものは使わないほうがいい)などで有用な情報が得られることがかなりあると思います。

まあある程度目的の大腸菌が増えてるかもしれないということで、それでもミディプレップをやってみるというのは選択肢だとは思います。やらなくてもいいしやってもいいぐらいですが、あなたのラボの上の人がどう判断するかはわからないので、やったあとにそんな無駄な事してとか言われても保証しません。
ごく一部だけとって、ミニプレップして確認してからというめんどくさいことも正当化(ステップを踏む)という上で一つのやり方かも知れません。

どんな状態化見てないのでなんとも言えませんが、死菌という感じはなんとなくしません。

大腸菌のペレットがやや赤い 削除/引用
No.7673-1 - 2019/02/10 (日) 05:31:11 - 大腸菌
おはようございます。
大腸菌のペレットがやや赤いのですが、これはコンタミした何かが増えてきているのでしょうか?

昨日2つのコロニー(DH5アルファですが2つは別のプラスミド)をミディカルチャーしました。
十分増えたところで、一方はややオーバーグロースしたようですが...、5000gで遠心して100ml分のペレットを作製しました。

するとオーバーグロースさせなかったものに比べ、してしまった方では上澄み液がやや混濁しており(死菌?)ペレットがややピンキッシュでした。おかしいなと50mlチューブをフリフリしていたところ、なんとそのペレットがボロボロと崩れもしました。一方、通常通りの方ではまったくペレットは固いままです。

これは何かおかしいと思うのですが、やはりミディプレップはしないほうがいいでしょうか?
よろしくお願いします。

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