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(無題) 削除/引用 No.10311-17 - 2022/03/08 (火) 07:38:37 - ヒゲ 訂正です。 ×別の転写因子Bを（直接的か間接的かはわからないものの）活性化している ○別の転写因子Bを（直接的か間接的かはわからないものの）調節している

(無題) 削除/引用 No.10311-16 - 2022/03/08 (火) 07:36:47 - ヒゲ 皆さんが明言されていなくとも前提としているのは、そもそもペプチド添加で核内転写因子（転写因子Aとします）のmRNAが減少したというデータから素直に想定されるモデルは、そのペプチドが転写因子Aの転写を調節している別の転写因子Bを（直接的か間接的かはわからないものの）活性化しているということであって、ペプチドが転写因子Aを活性化しているというモデルは一体どこから来たのですか？ もちろんフィードバック的な制御はあり得ることではありますが、それは転写因子Aの活性が転写因子A自身の転写を（直接的または間接的に）抑制するというデータがあることが前提でしょう？

(無題) 削除/引用 No.10311-15 - 2022/03/08 (火) 04:24:19 - おお そのペプチドの抗体とか直接ラベルして、ペプチドのDistrubutionを見るのはやるべきことの一つかもしれませんね。膜にリセプターがあるならば膜にConcentraionされている可能性が高いし、もしかしたらEndocytosisなどで小胞などに検出されるかもしれません。核にしっかりしたシグナルが見つかるなら、そのペプチドのターゲットはおそらく核にあるだろうという推測もできますし。

(無題) 削除/引用 No.10311-14 - 2022/03/08 (火) 03:56:46 - おお >[Re:13] DMさんは書きました : > ペプチド溶かすのに、DMSO 使う人はあまりいないと思うけど、 合成ペプチドなど購入するとInstructionにDMSO推奨と書かれているものもよく見ますよ。 > > たとえ使ったとしても、DMSOの最終濃度が　0.1%未満なら、 > DMSOによる効果は無視しれも大丈夫、というのが通説だと思う。 Agree

(無題) 削除/引用 No.10311-13 - 2022/03/04 (金) 20:46:36 - DM ペプチド溶かすのに、DMSO 使う人はあまりいないと思うけど、 たとえ使ったとしても、DMSOの最終濃度が　0.1%未満なら、 DMSOによる効果は無視しれも大丈夫、というのが通説だと思う。

(無題) 削除/引用 No.10311-12 - 2022/03/04 (金) 16:00:42 - Keigo おおさん、Sさん、杏里さん コメントありがとうございます。 私自身も、更に必要な根拠論文や実験手法を春休み期間中に収集したいと思います。

(無題) 削除/引用 No.10311-11 - 2022/03/04 (金) 15:57:40 - Keigo vh具８９ peptideは単に培地に添加しているということですか。それとも細胞内に入るような細工なり、導入を促すような試薬を併用するなりしているのですか。そのpeptideは疎水性が高いですか低いですか　（あるいは溶媒は何を使用してますか、DMSO使用してませんか）。 →単に培地に添加しております。添加方法は、ファルコンチューブにあらかじめ必要なペプチドを量り、血清フリーMEM培地に溶かして添加しております。また、ペプチドは疎水性が高いですが、溶媒は先ほどの血清フリーMEM培地を使用しており、DMSOは使用しておりません。 live cell imagingに関連した論文を調査してみたいと思います。プロモーターの解析なども、まずはlive cell imagingで小腸内にトランスポーターやタイトジャンクションを介したのを確認してからの方が良いでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.10311-10 - 2022/03/04 (金) 11:38:26 - 杏里 ncRNAと思われていたものからは、いろいろな短いペプチドが 翻訳されている、なんて話が言われているので、これからの 分野かもね。

(無題) 削除/引用 No.10311-9 - 2022/03/04 (金) 11:03:41 - vh具８９ peptideやタンパク質の細胞内への導入実験は普通に行われています。TAT peptideはその目的で昔からよく使われてきました。最近はタンパク質やペプチド導入専用のトランスフェクション試薬 も売っているようです。私はTAT peptide世代なので使ったことないですが、導入効率いいという話は聞きます。 peptideが細胞内に入って仕事してるのか、細胞の外から受容体や膜脂質などを介して細胞に作用してるのかで後の話が全然変わってくるので、まずは、ペプチドを蛍光ラベルか何かしてペプチドがどこに行ってるのかをlive cell imagingで追跡して基礎データとして把握した方が良いようにも思いますし、それ自体がsuggestiveな情報をもたらすことも期待できますし。蛍光標識はペプチド合成をメーカーに委託する際にオプションでやってくれると思います。

(無題) 削除/引用 No.10311-8 - 2022/03/04 (金) 09:31:03 - s Tatペプチドのような例もあるので、全く荒唐無稽という訳ではないと思います。

(無題) 削除/引用 No.10311-7 - 2022/03/04 (金) 09:13:33 - おお 個人的にはこういうぶっ飛んだアイデアは嫌いじゃないです。ぶっ飛んだというか論文など読んだりした知識なしでそういう知識から導かれる一般的な発想から外れているというか。こういうところからたまに（多分稀に）大発見があるのかもと思うわけです。 理論だったありえるアプローチはみなさんがすでに書いてくれてるかなと思います。そっちのほうが時間があれば参加させていただきます。

(無題) 削除/引用 No.10311-6 - 2022/03/03 (木) 21:40:55 - vh具８９ peptideは単に培地に添加しているということですか。それとも細胞内に入るような細工なり、導入を促すような試薬を併用するなりしているのですか。そのpeptideは疎水性が高いですか低いですか　（あるいは溶媒は何を使用してますか、DMSO使用してませんか）。 その転写因子の発現に影響を与える経路のどこかにそのペプチドが直接または間接的になんかしてるのだろうと思う。その転写因子の発現調節はどうなってるか調べればヒントがあるかもしれない。 その転写因子とペプチドが直接的な相互作用してるというのは絶対ないとは言わないけど、少なくとも現時点でのデータから導き出されるような話ではないと思う。

(無題) 削除/引用 No.10311-5 - 2022/03/03 (木) 15:09:45 - Keigo TSさん お恥ずかしい話になりますが、現状の研究室が楽しく過ごせてない(自身は学生)のでご相談させて頂きました。 ただ、研究内容が好きなので他にも勉強していきたいと思います。 G25さん 肝臓の転写因子になりますが、ペプチドが転写因子のリガンドになり得る報告の論文を見つけたので、安直にペプチドが転写因子に結合する方しか見えてなかったです。 例えば、核内転写因子の遺伝子から、そのペプチドにたいする応答（転写量低下）に必要な転写調節配列を同定して、その配列をターゲットにする転写因子を探すとか。mRNAの減も転写量の低下によるとは限らないわけだけど。 →mRNAの安定化も考えられると思っております。ただ、まだ他の可能性も調査していきたいと思います。

(無題) 削除/引用 No.10311-4 - 2022/03/03 (木) 13:10:49 - G25 転写因子がペプチドのリガンドをとるとは考えにくいのではないでしょうか。 ステロイドとかならともかく。お手本になるような系はなにかあったかな？ 可能性としては、ペプチドがリガンド（か阻害剤かわからんけど）となるレセプターがあって、そこからシグナルトランスダクションが起こっているとか。 例えば、核内転写因子の遺伝子から、そのペプチドにたいする応答（転写量低下）に必要な転写調節配列を同定して、その配列をターゲットにする転写因子を探すとか。mRNAの減も転写量の低下によるとは限らないわけだけど。 今の段階では、いろいろな可能性があって絞りきれないとおもうけど、同僚とブレインストーミングして、とにかくアイデアをたくさん出し合ってみては。

(無題) 削除/引用 No.10311-2 - 2022/03/03 (木) 12:33:10 - TS こういうのは指導教員と楽しくDiscussionすることではと思うのですが。 アプローチの1つとしてはなしではないと思いますけど、 転写因子のmRNAが下がったなら、転写因子と相互作用しているよりも、それを制御している分子やシグナルと相互作用してると、私は考えます。 そもそも細胞内にそのペプチドが入るのか、受容体のようなものは想定しないのか。いろいろあると思います。

核内転写因子について 削除/引用 No.10311-1 - 2022/03/03 (木) 11:50:15 - Keigo いつもお世話になっております。 ペプチドをCaco-2細胞に添加した場合、小腸内に存在する核内転写因子のmRNAが有意に減少しました。 また、その下流に存在するmRNAも有意に減少しました。さらに下流のタンパク質も測定したところ、有意に減少していることが分かりました。 このことから、ペプチドと核内転写因子において相互作用があると考えております。 次に、進めていく実験としては、核内転写因子とペプチドの結合能を分析することが適切でしょうか。 他にも調査していますが、現状まだアイデアが思い浮かばないです。 どなたかご教授お願いします。

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