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TaqMan probe
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No.12177-TOPIC - 2024/02/18 (日) 17:40:24 - qPCR
リアルタイムPCR用の TaqMan probe を作成したいです。
調べていると、配列から全部メーカーに依頼するケースが結構あると思うのですが、自分ではデザインできないのでしょうか。スプライスバリアントを区別して検出したいので、エクソンをまたぐような形でプローブを作成しようとしています。
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No.12177-2 - 2024/02/18 (日) 19:06:02 - おお
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC55792/
taqman prob designで検索すれば、どう言うデザインの仕方がいいのか(Tmとか長さとか)ぐらいはわかると思うけど。。。
上記の論文はデザイン用のアプリ使ってるけど。Webでデザインしてくれるtoolもあるんじゃないかな。メーカーのデザインツールも同じようなアルゴリズムを使っていると思う。依頼しなくても配列を入力すれば、どこにプローブを設定したらいいか提示してくれる。ただ、登録しないと行けなさそうだけど。
メーカーの人がデザインできると言うことは、PCRを理解できる他の人が真似できないなんて訳ないと思うよ。
TaqMan probe
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No.12177-1 - 2024/02/18 (日) 17:40:24 - qPCR
リアルタイムPCR用の TaqMan probe を作成したいです。
調べていると、配列から全部メーカーに依頼するケースが結構あると思うのですが、自分ではデザインできないのでしょうか。スプライスバリアントを区別して検出したいので、エクソンをまたぐような形でプローブを作成しようとしています。
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