2倍程度の差を考えるときに何をコントロールにするかでいくらでも解釈できてしまいます。コントロールは何ですか?一定量のmRNAあたり(例えば18Sなどで代用?)、あるいは細胞数あたり?いわゆる、house keeping gene (Actb, Hprt, G3pdh etc.) などですか?蛋白でも同様です。
薬物で処理したり、細胞の状態によっては、細胞の大きさ、全体の転写量、翻訳効率、いろいろな変化が起こります。ですので、2倍程度を考えるときには何をコントロールに使うかは結構気を使いますが、その辺りはいかがなんでしょうか?
個人的には、一定細胞数あたりのlysateをつかったウェスタンが一番フェアな比較かと思いますが、mRNAの場合は、、、難しいです。RTの効率とかいろんなファクターが入ってくるので、そう単純にはいかないですが、細胞を溶かす段階で細胞数に応じてspike-in RNAを入れてそれを指標にするというのがベストかと思います。
いずれにせよ、10倍の差があるものならどんなコントロールと使ってもなにがしかの差が出せるのだと思いますが、その2倍の差が本物かどうかは慎重にすべきかと。 |
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