Bio Technical フォーラム

  • バイオ関連の実験をする上での、試薬、機器、プロトコールなどの情報交換の場です。
  • 新しいテーマで話を始める場合、質問をする場合は「新しいトピックを作る」から書き込みをしてください。
  • 質問に対して解答できる方は是非、書き込んで下さい。
  • このフォーラムにふさわしくないと管理人が判断した投稿は予告なく削除します。

新しいトピックを作る | トピック一覧 | 研究留学ネットに戻る

ひとつ前のフォーラム(readのみ)

このスレッドをはてなブックマークに追加このスレッドをはてなブックマークに追加

細胞の蛍光免染写真のモノクロ化の理由 トピック削除
No.390-TOPIC - 2012/04/10 (火) 12:44:23 - ab
初歩的な質問で申し訳ありませんがよろしくお願いします。
現在私は培養細胞に発現している、あるタンパクAを蛍光抗体法で免染した後
共焦点レーザー顕微鏡で細胞内局在を確認しています。2次抗体にはFITCやAlexa等の蛍光標識の結合したものを用いています。
論文などを調べていると、同様に赤や緑色蛍光で染色した細胞の写真を、わざわざ白黒で掲載している論文が多く見かけられますが、これはなぜでしょうか?
 
- このトピックにメッセージを投稿する -



17件 ( 1 〜 17 )  前 | 次  1/ 1. /1


(無題) 削除/引用
No.390-20 - 2012/04/12 (木) 09:38:06 - ~
>コミュニティによってはかなり普及しています。
雑誌の表紙にまでなっているんですね。
あまりコンセンサスの得られていないやり方だと思っていましたが、広まるのは早そうですね。

(無題) 削除/引用
No.390-19 - 2012/04/11 (水) 16:45:20 - AP
>論文では見たことがありませんが、

コミュニティによってはかなり普及しています。たとえば
https://www.google.co.jp/search?hl=ja&q=drosophila%20magenta%20green&lr=&tbm=isch&source=og&sa=N&tab=si&biw=1081&bih=607&sei=zTWFT-LqEOzJmQWxvtnLBw

(無題) 削除/引用
No.390-18 - 2012/04/11 (水) 09:19:09 - ~
論文では見たことがありませんが、学会のポスター発表だと希にカラーユニバーサルデザインのものを見ますね。

流し見してても独特な色調に気づきますので、今だと非色覚障害者にも注目されるいい手法なのかもしれません。

(無題) 削除/引用
No.390-17 - 2012/04/10 (火) 22:54:32 - AP
>赤を意図的に明るくする(ピンク、オレンジ)、のがいいかもしれません。ただし、あまり見ない(??)ですね。

ちょっと意味は違いますが、先に挙げられたリンク
http://www.cudo.jp/index.html
の、リンク集にも挙げられている
http://www.nig.ac.jp/color/
にあるように、二色マージの写真を、緑と赤にするのではなく緑とマゼンタにすべしということは提唱されています。

(無題) 削除/引用
No.390-16 - 2012/04/10 (火) 21:25:04 - AP
モノクロのほうがカラーより階調が高くなるというというのは、コントラストが高くなるということとちょっと違います。
一階(真っ黒)から十階(もっとも明るい)まで登るのに、モノクロだと256段の階段だけれど、カラーにすると階調が下がって80段の階段になるということです。一段ごとのピッチが大雑把になるために、微妙な差を表現しにくくなるということです。256段階段のまま最上階を5階にするということではないです(これはコントラストの低下という状態に相当するでしょう)。
コントラストを上げるということは、階段の段数を保ったまま、最上階を二十階にするということに相当するでしょう。段数が一定なら、地階から最上階までを何段階で表現するかという、表現力の細やかさには関係ありません。

(無題) 削除/引用
No.390-15 - 2012/04/10 (火) 20:21:39 - とても分かりにくい
赤緑色盲でない場合、読者の理解における対応付けに問題がでます。個別で白黒、合成(マージ)でカラー、はとても分かりにくいです。

結局、赤を白黒にすると、コントラストが落ちるなら、赤を意図的に明るくする(ピンク、オレンジ)、のがいいかもしれません。ただし、あまり見ない(??)ですね。まあ、将来の一方向としてw。

(無題) 削除/引用
No.390-14 - 2012/04/10 (火) 19:18:32 - ~
>今だって、共焦点顕微鏡像は輝度情報だけで色情報はないはずですよね。
昔と同じでしたか。
マルチカラーで同時に撮影と書かれているものがあったので、同時に複数の色情報を取り込める装置が出ているのかと思っていました。

(無題) 削除/引用
No.390-13 - 2012/04/10 (火) 18:22:04 - AP
不正確な知識もあると思いますが、その場合ご指摘ください。

>最近の装置は複数色の同時観察ができるようですが、
>昔の装置は一色ずつを白黒で取り込み、擬似カラーで色をつけていました。

今だって、共焦点顕微鏡像は輝度情報だけで色情報はないはずですよね。
フィルターを通った限られた波長範囲で、通り抜けた光子をPMTで検出するわけですよね。異なる波長が検出できるのは、異なるフィルターを使うからで、検出機自体が波長を見分けているわけではなく、つまり撮像は輝度情報だけからなる(つまりモノクロ像)はずですよね。同時多色観察ができるのは、分離された波長ごとに検出機が複数付いている(例えばNikon社製)とかの話ではないですか? それなら各チャンネルは輝度情報だけで、カラー像は擬似カラーに過ぎないというのは変わらないですよね。最新の共焦点顕微鏡の情報に疎いので、間違っているかもしれませんが。

ひとつ言えるのは、コンピュータで扱う画像は、カラーよりモノクロの方が階調が細やかに表現されるということではないでしょうか。例えば共焦点顕微鏡でとった生データ256階調の輝度(色情報を含まないモノクロ像、実際はもっと高階調でしょうけれど)で表現されているとしましょう。これをカラー(RGB)で赤に割り当てるとしましょう。するとRGB分解では256階調を3色に割り振るので、1チャンネルあたり約80階調の情報にreductionされてしまいます。したがって、原理的にモノクロのまま扱ったほうが、階調が細かく表現され情報量が多いんです。

あとひとつは、世の中には色盲、色弱の人も少なくないということです。
二重染色を赤と緑で表現して、merge像だけしか載せないなんてのは言語道断。世の中に一番多いタイプの赤緑色盲の人にはないほうがマシなくらいの図になってしまいます。そういう意味でも、マージしていない単チャンネルの像は載せるべきです。

そんなあなたに 削除/引用
No.390-11 - 2012/04/10 (火) 17:38:45 - kf
http://www.cudo.jp/index.html

(無題) 削除/引用
No.390-10 - 2012/04/10 (火) 16:39:22 - ab
皆さまありがとうございます!
~ さん、KYさんのおっしゃる通り、どの文献でも「単染色は白黒、多重染色はカラー」の規則になっているようです。
論文原稿を作成中に疑問に思い投稿させて頂きました。
参考になりました!

(無題) 削除/引用
No.390-8 - 2012/04/10 (火) 15:07:54 - KY
ウチのラボルールでは2色画像をそれぞれ単色と重ね合わせで示す場合に、
単色は常に白黒にしております。
すでに指摘のとおりコントラスト的に一番見やすいからです。
また、世界のどこかのラボで論文を印刷してみていただく場合に、もしそのラボのプリンターが綺麗なカラープリンタでなければ、色が潰れて言いたいことが伝わらなくなる可能性が高いです。そんなところでレビュアーの理解を阻害して、イライラさせてしまったら、非科学的ですが損します。むしろきれいなFigureをみてクリアーに納得してもらえた方がいいことは言うまでもありません。
白黒ならましな画像になるでしょう。

(無題) 削除/引用
No.390-7 - 2012/04/10 (火) 15:01:09 - ~
>同じ論文内にはカラー写真をと白黒写真の両方を掲載している
だと見やすさですかね。

緑の蛍光写真:白黒
赤の蛍光写真:白黒
二重染色像:緑赤黒
のフィギアをよく使っていました。

ページ単位課金 削除/引用
No.390-6 - 2012/04/10 (火) 14:58:00 - 横から
>しかも同じ論文内にはカラー写真をと白黒写真の両方を掲載している場合がほとんどです。

 カラー写真への課金は論文単位ではなく、ページ単位です。ですので、同じ論文内にカラーと白黒が混在していても、同じページには白黒とカラーが混在していなかったりしませんか?
 もしそうでない場合は、料金以外が理由ということだと思います。

(無題) 削除/引用
No.390-4 - 2012/04/10 (火) 14:36:22 - ab
ご返答ありがとうございます。
昔の文献であれば ~ さんのご指摘の通りだと思いますが、ここ1〜2年の文献でも白黒の写真が多いのです。しかも同じ論文内にはカラー写真をと白黒写真の両方を掲載している場合がほとんどです。そのため何か他にカラーと白黒を使い分ける理由があるように感じています。
またOn line journalでも白黒写真を多用していますので原稿料が理由とは考えにくいのです。
~ さんのご指摘のように、白黒の方がコントラストがついて見やすい。というのが一番の理由でしょうか…

原稿料が理由でしょうけど 削除/引用
No.390-3 - 2012/04/10 (火) 14:02:29 - ~
最近の装置は複数色の同時観察ができるようですが、
昔の装置は一色ずつを白黒で取り込み、擬似カラーで色をつけていました。
そのため、わざわざ色付きで撮影した写真を白黒に変換したのではなく、
白黒で取り込んだ写真をそのまま使っているのかもしれません。

また、色をつける(たとえば緑黒にする)と、白黒よりもコントラストが落ちるので、重ね合わせでなければ白黒のほうが見やすいです。

(無題) 削除/引用
No.390-2 - 2012/04/10 (火) 13:26:19 - Q
原稿料がカラーだと高い

細胞の蛍光免染写真のモノクロ化の理由 削除/引用
No.390-1 - 2012/04/10 (火) 12:44:23 - ab
初歩的な質問で申し訳ありませんがよろしくお願いします。
現在私は培養細胞に発現している、あるタンパクAを蛍光抗体法で免染した後
共焦点レーザー顕微鏡で細胞内局在を確認しています。2次抗体にはFITCやAlexa等の蛍光標識の結合したものを用いています。
論文などを調べていると、同様に赤や緑色蛍光で染色した細胞の写真を、わざわざ白黒で掲載している論文が多く見かけられますが、これはなぜでしょうか?

17件 ( 1 〜 17 )  前 | 次  1/ 1. /1


パスワードを入力してチェックした記事を チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する
名前 
メール   アドレス非公開
   タイトル 
本文      
設定  クッキーを保存(次回の入力の手間を省けます)
上に上げない(トピックの一覧で一番上に移動させません)
解決(問題が解決した際にチェックしてください)
暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。
送信 

〔使い方〕
  • 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。
  • 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。
  • 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。