Bio Technical フォーラム

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westernの分離能を上げる方法 トピック削除
No.486-TOPIC - 2012/05/04 (金) 13:08:26 - noname
分子量の近いタンパク質を分離したいのですが、
ウエスタンブロットで分離能を最大にするには
どうすべきでしょう?

@ゲル濃度を目的タンパク質サイズに合わせて調整
A目的バンドがゲル中央に来るようにする 
という基本は知っています。標準プロトコルにあわせて
行っています。
今は、front dyeが流れきった時点で目的バンドが、まあ
1~1.5cm位真ん中よりずれるかなあという所にゲル濃度を
設定しています。これで分離できません。

対策として今考えているのが、
・少しゲル濃度を薄めに設定して、レンジを広くとる
・ゲル濃度を変えず、SDS-PAGE時に目的バンドが
 ゲルのちょうど中央に来た時点で泳動を止める
・front dyeが流れきった時点で目的バンドがきっちり
 ゲル中央に来るように、ゲル濃度をいろいろふって条件検討する
 (めんどくさい)
の3つです。
ウエスタンレベルでどうにもならんものなら
対策考えますが、トライだけしてみたいと思ってます。

すいませんが、分離能高いwestern行ったことある方
ご教示お願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.486-5 - 2012/05/05 (土) 11:15:44 - noname
ありがとうございました。

薄いゲルで可能な限り長く泳動するのが
分離能上げられる方法ということですね。
精度の高いウエスタンを行うには目的バンドを
ゲル中央に、という教科書的文面からゲル中央が
一番よいものだと思っていました。

qqさん
いろいろとありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.486-4 - 2012/05/04 (金) 20:44:25 - qq
「ウェスタンで近接するバンド識別したいときは、違いを検出できる抗体を選択、作成する。」ということは、きっと望んでいないのでしょう。一般論での解決は不可能だと思います。状況の詳しい説明が、有効な解決への近道です。
とはいえ、準一般論として、
チュブリンのa/bサブユニットを分離するために、タンパク試料の還元アルキル化とウレア入りのゲルを使うことがあります。
ウェスタンだと、還元アルキル化は少しリスキーかもしれません。
ウレア入りのゲルを転写する時に、ゲルのすすぎが必要かもしれません。
これ以外に、具体的な方法を提示できませんが、BISの濃度を調節して二つのバンドを広げることが、MAPKのリン酸化で使われていると思います。

(無題) 削除/引用
No.486-3 - 2012/05/04 (金) 16:31:11 - KY
>A目的バンドがゲル中央に来るようにする 
というのはなぜなんでしょうか?

個人的には可能な限り長い距離を泳動した方が分離がよりできると思いますが。だから目的バンドが出来る限りゲルの下の方まで泳動したほうが分離できるかと。
あと、単純に縦に長い大きなゲルで流してもいいと思います。

(無題) 削除/引用
No.486-2 - 2012/05/04 (金) 15:06:11 - ゲ
ゲル濃度は可能な限り薄くする。
目的バンド70%ー80%くらいまで流してみる。

westernの分離能を上げる方法 削除/引用
No.486-1 - 2012/05/04 (金) 13:08:26 - noname
分子量の近いタンパク質を分離したいのですが、
ウエスタンブロットで分離能を最大にするには
どうすべきでしょう?

@ゲル濃度を目的タンパク質サイズに合わせて調整
A目的バンドがゲル中央に来るようにする 
という基本は知っています。標準プロトコルにあわせて
行っています。
今は、front dyeが流れきった時点で目的バンドが、まあ
1~1.5cm位真ん中よりずれるかなあという所にゲル濃度を
設定しています。これで分離できません。

対策として今考えているのが、
・少しゲル濃度を薄めに設定して、レンジを広くとる
・ゲル濃度を変えず、SDS-PAGE時に目的バンドが
 ゲルのちょうど中央に来た時点で泳動を止める
・front dyeが流れきった時点で目的バンドがきっちり
 ゲル中央に来るように、ゲル濃度をいろいろふって条件検討する
 (めんどくさい)
の3つです。
ウエスタンレベルでどうにもならんものなら
対策考えますが、トライだけしてみたいと思ってます。

すいませんが、分離能高いwestern行ったことある方
ご教示お願いします。

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