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そうですね（汗） 削除/引用 No.5476-12 - 2016/10/19 (水) 12:43:05 - あおぞら fmfmfmさま 　そのとおりです。プラグです。私がそもそも最初の投稿のところでまちがえてました。 おおさま 　ありがとうございます。　私もそのような随時matingしていくという方法が、１回目、２回目を論じないので、いいぞ、と思い、大学院生と実験助手さんに提案してみました。現時点では、マンパワー的に苦しいようです。。。　でも前向きに検討していきます。

(無題) 削除/引用 No.5476-11 - 2016/10/19 (水) 12:33:46 - fmfmfm 本論とまったく関係のないことで申し訳ないのですが、プラーク（plaque）ではなくプラグ（腟栓：(vaginal) plug）ではないでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.5476-10 - 2016/10/19 (水) 10:35:02 - おお 理想的には大丈夫かと思うのですが、やはり一回目などとして両者同時にやる実験系になっているので、不安がありますよね。なので、随時プラーク確認したとき最初は処理する、次は処理しないとか繰り返し、妊娠が成立していない場合はデータが取れないでよしとするとか、一回目二回目という枠を使わずにこいつらにプラークが確認されたら処理とか決めておいて随時データーを取っていくようにはならないかな。。。

ありがとうございます。 削除/引用 No.5476-9 - 2016/10/18 (火) 21:05:12 - あおぞら ふみさま コメント、とてもありがたいです。 もし１匹の胎仔で、解析必要量を満たせば、ご提案のように、２匹ずつの胎仔を解析をすることは意義があると思います。胎仔間のばらつきも評価できますし。 そして、ご指摘のとおり、なんらかの余計な影響がおこったかもしれない回については、慎重に検討しないといけないですね。 再検討してみます

(無題) 削除/引用 No.5476-8 - 2016/10/18 (火) 12:46:34 - ふみ 1腹で胎仔5匹をn=5とするのはまずいですね。 思い付きで適当なことを書いてしまいすみませんでした。 私が想定したのは次のような場合でした。 　3腹で雄の胎仔が2匹以上ずつ 各腹2匹ずつ解析すれば同1匹ずつよりも確かなことが分かるはずです。 2匹ずつ解析した場合でもn=3とするのが妥当なのだろうかと疑問を持ちました。 繰り返しのある場合の検定が使えるのでしょうかね。 (解析の試料要求量を満たすためにプールするということ理解しました。) ところで、何回目かということが大きく影響してしまった場合には、腹単位でn数としなければいけないのと同様に、何回目かということを1単位としてn数としなければいけないと思います。

対象臓器が。 削除/引用 No.5476-7 - 2016/10/17 (月) 22:20:55 - あおぞら ふみさま 　大変丁寧にコメントいただき、感謝します。 　母を処理しているので、同じ腹の胎仔は理論的には同じ影響をうけ、均一であると仮定すると、同じ腹からうまれた胎仔は,たとえ５匹いたとしても　n=5とはできない。つまり、たとえば、コントロールの母１匹　と処理群の母　１匹で、　胎仔が５匹　と　５匹　いて、これだけでn=5として、くらべて、有意差どうのこうの、というのは、ちょっと実験の信ぴょう性として無理があるように思います。このあたりはいかがでしょうか。ご意見いただけるととてもありがたいです。 　あと、実験での現実的なところとして、対象臓器が精巣のため、大変小さく、普通のRNA抽出キットの場合、プールしないとなかなか抽出がむずかしい、という背景もあります。

なぜプールするのか 削除/引用 No.5476-6 - 2016/10/17 (月) 22:04:16 - ふみ この場合で1腹をn=1とする理由は、実験系の検出に関わる問題というよりも、母マウスの影響に偏りがなくすためなのだろうと受け取りました。 どういうことかというと、母マウス#1,#2,#3に解析対象とする性別の胎仔が、例えば1,3,5匹あったとして単純平均すると母マウス毎の平均値に対する寄与率が1/8, 3/8, 5/8といった具合に、全然違うわけです。こうなってしまうと、何を評価しているのか不明瞭になってしまうわけです。 実験じには胎仔1匹ずつについて個別の値を出して、群間の差を評価する場合には母#1,#2,#3の胎子の平均値をデータとしてn=3とすれば、母マウスによる寄与率の違いをなくすことができるわけです。 それで、実験を何回か分けた場合にも同じ考え方ができるはずです。 1回目の平均値と2回目の平均値と3回目の平均値をデータとすれば、例えば1回目の寄与率が2回目の寄与率より大きいとか小さいとかいった問題がありません。 ただし、労力が大きいとか動物の犠牲を少なくないという観点からはあまり好ましくないとも言えます。 こうした諸々を勘案して現実的な対応をし、それをきちんと第三者に説明できるようにしておけばよいのだろうと思います。 ところで、腹内の解析対象胎仔がどの腹にも2匹以上あれば、1腹につきn=2としても腹間の平均値に対する寄与の偏りは生じないと思います。こうすれば1腹でn=1とすることによるサンプルサイズ(n数)の問題をあるていど回避できると思うのですがどうでしょうか。

ありがとうございます。 削除/引用 No.5476-5 - 2016/10/17 (月) 18:12:30 - あおぞら AAさま、コメントをまことにありがとうございます。 再現性の観点から、複数の回をまぜても、有意差がきちんとでることが、大切である、というご意見に納得です。 どうもありがとうございます。

(無題) 削除/引用 No.5476-4 - 2016/10/17 (月) 13:19:00 - AA 再現性の観点から言えば、処理の回・ロットの異なる群を混ぜてなお 差が得られる方が好ましいのではないでしょうか？ 処理ごとの差で消えてしまうほど敏感な表現型だと、 論文を読んだ他の研究者も再現が取れなくて紛糾しそうです。 あるいは、19日齢胎児ならそこそこ大きいので、 1匹ずつサンプリングしても検出可能な実験系を使うか。 きっと既に検証された上でプールする手法に たどり着かれたのだとは思いますが。。。

ありがとうございます 削除/引用 No.5476-3 - 2016/10/17 (月) 11:45:54 - あおぞら ふみさま 　ありがとうございます。 　やはり、現実的なところは、１回目と２回目　で合わせて、偏りがないかみるところですね。 　やってみます。

一般的な考え方か分かりませんが・・・ 削除/引用 No.5476-2 - 2016/10/16 (日) 18:15:40 - ふみ 処理群 n=5 (1回目4腹 + 2回目1腹) と 対照群 n=6 (1回目1腹+2回目5腹) としてまずはデータを出してみて、群内で1回目と2回目の差がないか気にしてデータをみてみるのが現実的ではないかと思います。 できれば各回の各群が複数ある方が何回目かという要素が影響していないかみるのによいとは思いますが、御示しの場合には偏ってしまったらしょうがないだろうと思います。 とはいえ、慣れていて安定的に実行できるわけでない実験系であれば、何回目かということが影響してしまったという経験があります。各回で群の振り分けの偏りが生じない方が群間の比較のためにはよいだろうとは思います。 それで、何回目かということが影響しているのではないかと思われるデータであったならば、大変でも3回目(とさらに必要があれば4回目を)をやるべきだと思います。そうでなければ何の影響を観ているのか分からないと思います。

マウス実験での、nの増やし方 削除/引用 No.5476-1 - 2016/10/16 (日) 10:50:42 - あおぞら 　いつも参考にさせていただいています。 　現在、マウス胎仔の解析を行っています。mating後にプラークが確認できたマウスを、処理群（妊娠中期から数日）　と　対照群（無処理）に分けて、分娩直前まで養育し、胎仔を取り出して解析しています。胎仔臓器は、１腹をn=1として、プールして解析します。 　おなかが大きくなって明らかに妊娠しているとわかるより前に、処理群と対照群にわけるため、プラークが付いていても妊娠成立していないマウスが一定量含まれるため、処理群４と対照群１　とか、処理群１と対照群５　となってしまうことがあります。 　この場合、たとえば、１回目　処理群４と対照群１　２回目　処理群１と対照群５　のデータを解析する場合に、処理群 n=5 （１回目＋２回目）　と　対照群 n=5（１回目と２回目）　として、real time PCRによる遺伝子発現を調べて比較していって、構わないものでしょうか。 　もちろん、前提として、実験を繰り返した場合の、動物の状態そのものは同じであるとしてです。 　アドバイスいただけますでしょうか。

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