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(無題) 削除/引用 No.1238-2 - 2012/12/11 (火) 02:04:27 - おお **XXXXXXXXXXNNNNNFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF XXXXXXXXXXNNNNNFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF ひだりの**の部分が突出になるんですよね。10ベースもあればクレノーで伸ばせるのでは。DNAプローブを作るときはランダムヘキサマ(n=8)でテンプレートにアニーリングさせて、クレノーで合成しますけど 下側のXXXXXXXXXXNNNNNFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF鎖を 合成しておいて**XXXXXXXXXX(もちろん下側と相補な配列)を同時に合成して、両者アニーリング, クレノーでもいいのではないかと。 または左側にさらに15から25ベースぐらいつけておいて、下の鎖を合成して、2塩基出るような制限酵素で切れるようにしておくとかこの場合NNNNNがどんな組み合わせでも切れないようにしこむか、制限酵素できれるはいれつがじょがいされてもいいとひらきなおるか。 注意しないといけないのはXXXNNNとか、NNFFFFとかそう言う配列も可能性がないことを吟味する必要があるのですが、まあそんなに大変なことではないはずです。 左側に15から25ベースつけたならその部分をプライまーにして、右の固定された配列にもプライまーを作ればPCRでもふやせますね。

ランダムオリゴの２本鎖を作りたい 削除/引用 No.1238-1 - 2012/12/11 (火) 00:41:00 - あてな 以下のような配列の２本鎖のDNAを作りたいと思っています。 NNXXXXXXXXXXNNNNNFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF XXXXXXXXXXNNNNNFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF Nは、ATGCが均等に混じったミックスの塩基で、端っこには2bpの突出、真ん中に5bpの連続している部分が続きます。XX・・・の部分は、あっても無くても構わないのですが、おそらく必要だと思って定義した部位で、最大で10bpまでの長さの相補鎖です。FFF・・・の部分は32bpで固定の相補鎖です。 NNNNNの部分が5bpなので、合計で1024通りの組み合わせになります。そのため、両方の鎖を合成してアニーリングするには、少しサンプル数が多すぎます。片方の鎖だけを合成して、もう片方の鎖はポリメラーゼで合成するしかないのかなと思っているのですが、2bpの突出末端と、XXXX・・・の長さが10bp以下という制限があるために、どうしたらよいのか見当もつかないです。 こういう場合にどうすればよいのか、何かアドバイスを頂けると幸いです。

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