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(無題) 削除/引用 No.4785-9 - 2016/01/27 (水) 17:18:01 - 一番 brdu 様 入れ違いになってしまいましたが、面積値を求めようとしている理由は、下記にも少し書きましたが、EdU が弱く染まっている細胞の結果を反映させたいためです。弱い細胞を完全なポジになるように閾値を設定してしまうとかなり多くのバック、本来ならネガのはずの細胞のシグナルも拾ってしまうため、見た目と数字が明らかに乖離しました。

(無題) 削除/引用 No.4785-8 - 2016/01/27 (水) 17:14:23 - 一番 みなさま 早速に貴重なご助言をいただきましてありがとうございます。 おお様の「バックグランドを拾わないように設定すればいい」が近いニュアンスかも知れません。勢いよく増える細胞は EdU シグナルも強く、ゆっくり増える細胞は弱いです。全く増えていない細胞はシグナルがありません。これらを反映させた定量を行いたいです。 従って、理想なのはエリア値とシグナル強度の積算値を求めることですが、ImageJ はおそらくそれができず、シグナルがポジか、ネガかのいずれかに分類され、ドットの有無でエリア値が出てしまいます。EdU シグナルが弱い細胞を 解析すると細胞がまだらにドット標識されるため、「それなり」の面積値となります。バックを拾わず、かつ「それなり」が見た目通りにドットとして反映されるような shresholod を選べば良いような気がしてきました。

(無題) 削除/引用 No.4785-7 - 2016/01/27 (水) 17:06:11 - brdu EdUは細胞の増殖性に相関するので、わずかに染まっている細胞をポジティブとするのかどうかは研究者の判断によります。ネガティブコントロールがあればよいのですが、増殖していない細胞を準備しないといけないのでEdUだとなかなか難しいかもしれません。どんなthresholdをかけても、結果の傾向はそれほど影響されないと思うのですけど。 マニュアルでthresholdをかけて、同じthresholdの条件を全てのサンプルに適用すれば比較するのに問題はないと思います。 ふと疑問に思うのは、通常BrdUやEdUで検討する時は、面積ではなく陽性細胞の数で比較することが多いように感じます。今回面積を測定する意味はなんでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.4785-6 - 2016/01/27 (水) 16:26:56 - サンショウウオ https://sites.google.com/site/qingzongtseng/adaptivethreshold 細胞の輝度値がバラバラなら、Adaptive thresholdで局所の閾値設定して二値化すると楽です。

(無題) 削除/引用 No.4785-5 - 2016/01/27 (水) 15:08:38 - おお あと使ったことがないので頓珍漢なことを言っているかもしれませんが、デフォルトでも画像からそれぞれかってにバックグランドを認識して閾値を決めるようになっているなら、それぞれの画像で解析という面で条件が揃ってない閾値が設定されるかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.4785-4 - 2016/01/27 (水) 14:59:37 - おお 一言で言うとバックグランドを拾わないように設定すればいいってことです。

(無題) 削除/引用 No.4785-3 - 2016/01/27 (水) 14:53:45 - たていす それぞれのアルゴリズムが分るのであれば、それに従えばよいでしょうが、それを知らないから、質問されているのですよね。 例えば、freehand-selectionで領域を指定してthresholdすると、全体でthresholdする時と変わります。つまり、methodは、thresholdウィンドウのヒストグラムのどこで切るかを指定しているのでしょう（きっと）。 自分でスライダーを動かして指定しても、訳の解らないmethodを指定しても、不適切加減は何も変わりませんが、特定のthresholdのmethodのautoを実行すると、一応同じ基準で切り分けることにはなると思います。 でもまあ、これが一番良いというmethodがあるのかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.4785-2 - 2016/01/27 (水) 12:55:00 - 一番 補足です。 analyze particle で EdU シグナル陽性になるエリア値を算出させています。

Image J の shreshold 削除/引用 No.4785-1 - 2016/01/27 (水) 12:53:19 - 一番 EdU シグナル陽性の面積を ImageJ で算出させたいと考えています。shreshold は default を使うか、その他を使うかで結果が大きく異なるのですが、何を選択すれば良いでしょうか。 「default」で良いのか、見た目を反映した数字となる shreshold で良いのでしょうか。EdU の染まり方は細胞によってムラがあるため、どの shreshold を使うかによってシグナルが弱い細胞がバッサリ切り捨てられてしまう場合と、弱いシグナルまで比較的拾い上げている場合があります。 今回の実験では default ではない設定の方が見た目を反映しているように感じました。

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