3kb のPCR産物のクローニングがうまく行っているんだから、Ligationの活性がある条件だと思いますが、、、より短いDNA断片のほうがLigation、Transformation効率が高いと思いますので、一次的な原因は他にあると思います。
オリゴのアニーリングがちゃんとできているかとか、加えている量とか。
Ligaseは低い温度の方が良いとは言われてましたけど、最近は酵素量を増やしていたりして37度でできるキットもあるような気がする。私は念の為ATPを追加して使ってます。むかし古いLigation Bufferを使ったときうまく行かなかったのでATPを追加してみたらうまく行ったという事がありましたので。 |
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