Bio Technical フォーラム

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(無題) 削除/引用
No.9015-4 - 2020/07/15 (水) 01:48:11 - おお
どうでしょう、最近は酵素単品よりは、Ligation Kitとして付加価値がついた商品が多いからそういうのを見ているのでしょうか。

酵素単品で探してみるといいかもしれません。おそらく1マイクログラム、プラスミドConstruction用プロトコールからの重量比単純計算でも数千円ではないかと。さらにすでに指摘があるように過剰量入れるプロトコールになっているので、自身で計算してみるといいと思います。

NEBとか日本ジーンなどで単品でうっていてそこそこ安いのではと思います。

(無題) 削除/引用
No.9015-3 - 2020/07/14 (火) 18:42:30 - G25
>通常のT4 DNA Ligaseでのライゲーションでは酵素の価格等を考えて、難しいくらいの量です。

そうでしょうか? そんなことも無いと思いますが。
ライブラリーを作るときなんか、それくらいのこと普通にやってたと思いますが。ちなみにどういう計算でしょうかね。

自己環状化を狙うのなら、反応体積をできる限り大きくして、DNA濃度を下げたほうがいいでしょう(DNA分子同士を疎にする)。
そのためには添付のバッファーでは心もとないかもしれませんが、ATPなんかあれば自前で調整できる。自己環状化ですから、添付バッファーにありがちなligatonのエンハンサー(PEGのようなcrowding agentなど)は入っていないほうがいいので、自家製のほうがいいくらいです。

で酵素反応ですから、基質が増えたからといて比例的に酵素量を増やさなければならないというものでもない。大体においてメーカの設定がもともと酵素過剰ですし、基質が過剰なら反応時間を伸ばせば大抵は解決する。

DNAのライゲーションを大きな計で行う方法はありませんか? 削除/引用
No.9015-1 - 2020/07/14 (火) 18:04:33 - あお
お世話になっております。DNAのライゲーションのご相談です。
通常DNAベクターにインサートをライゲーションするような場合、インサートDNA 20ng程度の微量な計で挿入してから、大腸菌に形質導入して増やすのが通常かと思いますが、
μg単位のDNA断片をライゲーションして環状化する安価な方法がないだろうか?と考えています。
通常のT4 DNA Ligaseでのライゲーションでは酵素の価格等を考えて、難しいくらいの量です。
どなたか、よい方法をご存じでしたらご教示いただけないでしょうか。

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