Bio Technical フォーラム

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No.9244-6 - 2020/10/21 (水) 11:38:49 - dfghjk
はじめから、これとこれを比べたいという前提で検定するならANOVAは不要です。(ANOVAはどの群間に差があるかを示唆する事前情報が全くない中で、そもそもそのデータが多群間比較するべきものかどうかを決めるために行うので、むしろ比較したい群間が明らかなのに、あえてANOVA→多重比較するのは検定に多重性が生じるので(統計学の人から見ると)適切でないと統計の先生に昔聞きました。)
なので直接、興味ある群間をt-検定してからボンフェローニ補正するみたいな多重比較を適用すれば良いと思います。

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No.9244-5 - 2020/10/21 (水) 10:27:15 - s
ちゃんと読んでなかった。
AとBを両方使ったときに効果があるかどうか知りたいなら、交互作用項の係数を見ればいい訳です。

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No.9244-4 - 2020/10/21 (水) 09:47:01 - s
t検定、ANOVAと理論的には同じかもしれないけど、普通に線型モデルで。

lm(y~A+B)

交互作用項も考慮したければ

lm(y~A*B)

みたいな感じですか。Bの係数が有意に0より大きい(あるいは小さい)かどうかを見ればいいと思います。
Bだけ考慮したいなら、

lm(y~B)

だけど、あまりやらないような。

疾患モデルを表す変数も必要ですね。
その場合、欠損値(コントロール+治療薬)があるけど、エラーがでるのかもしれません。

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No.9244-3 - 2020/10/21 (水) 09:31:50 - ど素人
「有意差が出てほしいポイント」という時点でそれが本当に研究なのか、という問題があるかとは思いますが。

本当に2群の比較しかしないのであれば、t検定でも可能だろうと思われます。その場合、「有意差が出てほしいポイント」以外については論文に「検定しなかった」と記述し、検定しなかったことについての科学的正当性を記述できるのならば、それでもよろしいのではないかと思います。もし査読者が優秀でない方にあたれば、運よく(?) 通過する可能性はあると思います。

「本題とあまり関係ない条件4の実験結果のばらつきが大きくなってしまったとき、そのばらつきに引っ張られて他の部分の有意差もつかなくなってしまう」 → だったら条件4の実験をしなければいいと思います。その結果データの不備を指摘されたとしても、著者が「」内の事情を優先したなら致し方ありません。「有意差もつかなくなってしまう」については最初と同文です。

t検定を用いて多重比較をすれば、一回あたりの過誤の確率が5%でも複数回行うことで一回以上の過誤発生の確率はあがります。ですから多重比較においては補正をつけるのが一般的です (なお、多重比較の前にANOVAをしなければならないという決まりはありません。ANOVAをするとかえって検定の多重性をあげてしまうという意見もあります)。多重比較にすこしなれたかたなら、ボンフェローニの補正はやや過度なので、改良された補正方法を用いているかもしれません。

結論としては、実験のくみかたを変えて実際に2群しか比較しない研究をデザインすれば統計学的には一番問題がないと思います。実際には2群以上を比較しているのに t 検定を用いるのは...(以下省略)。

質問の感じからは、統計の専門家にコンサルトされるのがよろしいかと感じました。専門家であれば、多重比較をする際により適切な感度で統計学的有意差を検出できる補正方法についても教えてくれると思います。

(無題) 削除/引用
No.9244-2 - 2020/10/21 (水) 09:11:29 - おお
Bの評価も加えないと説得力がない気がします。そういう意味では多重回帰かな。そういう解析はほとんどしませんので調べないとわかりませんけど。

ANOVAを使わないなら興味ある2つの群で検定して、検定した数でBonferroniとか Holm step-downとかで多重検定補正をすればいいでしょう。

ANOVA?T検定?? 削除/引用
No.9244-1 - 2020/10/21 (水) 08:43:24 - Jun
以下の5群の実験を行い、治療薬A及びBの効果を評価しようと考えています。

1.コントロール
2.疾患モデル
3.疾患モデル+治療薬A
4.疾患モデル+治療薬B
5.疾患モデル+治療薬A+治療薬B

事前の仮説では、治療薬A単独では効果は多少あるが不十分、治療薬B単独では効果なし、ただし治療薬AとBを両方使うと強い効果が得られる、と考えています。もともと治療薬Aに効果があることは過去の報告からわかっていて、今回は治療薬Bを追加することによる上乗せ効果の評価です。
従って、今回有意差が出てほしいポイントとしては、
1と2の間
2と3の間
3と5の間
ということになります。治療薬Bでも多少の効果が示されるかもしれませんが、今回は治療薬Bの効果は(想定外に有意な結果が出ない限り)興味の範疇外です。

一般的にこういった群間差を示す場合、多くの論文ではANOVAなど分散分析+多重比較を使っていると思うのですが、上記のように差が出てほしいポイントがはっきりしていて、他の部分には差が出ようが出まいが興味はない、という場合、差を見たい二群のT検定ではダメなのか?という点が引っかかっています。分散分析を使うと、例えば本題とあまり関係ない条件4の実験結果のばらつきが大きくなってしまったとき、そのばらつきに引っ張られて他の部分の有意差もつかなくなってしまう、ということが起こり得るかと思います。

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