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分子生物学で用いるミリQ水をオートクレーブの必然性 トピック削除
No.3905-TOPIC - 2011/01/31 (月) 10:47:13 - トト
ミリQ水製造装置から出てきた水をオートクレーブする必要があるかどうか疑問に思っています。用途はPCRです。検出対象は環境中に存在する微生物のDNAで、現在の系の検出感度は数分子のDNAだと思われます。

従来は、メディウムビン500mlをよく洗い、DWでリンス後、ミリQ水を採取し121度、20分していました。

今後は、新品のファルコン50mlに直接ミリQ水を採取してPCRに用いればいいのではないかと、疑問を抱きながら考えています。

大学の研究室ではオートクレーブすることが常識と教えられましたが、1)オートクレーブ釜で検出対象の微生物の滅菌処理を大量におこなっていること、2)オートクレーブではDNAが完全に分解されないこと、から、却ってミリQ水が汚染されるのではないかと疑問に思いました。

基本的な質問ですいませんが、皆様のご意見を参考にさせて下さい。よろしくお願い致します。
 
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No.3905-6 - 2011/02/01 (火) 01:57:36 - すばr
自分は滅菌したものもしていないものもpcrに使いますが、成功率に差はないきがします。
うちのラボの人々は滅菌すべきかどうかにこだわってなさそうです。

(無題) 削除/引用
No.3905-5 - 2011/01/31 (月) 12:05:02 - Pumpkin
私もPCR, QPCR用にはBoston-Pullman 様とおなじように、Nuclease Free水を購入して、小分けにしたものを使っています。Invitrogenだと500mL 2500円位だったかと思います。

で、ミリQ水のオートクレーブですが、トピ主さんの疑問通り、不必要なオートクレーブは避けるべきかと思います。ただし、~様が言うようにミリQ水のグレードと採水時のコンタミノ可能性を考えて判断されるのがよいと思います。

(無題) 削除/引用
No.3905-4 - 2011/01/31 (月) 11:54:30 - ~
そもそもミリQ水にはいろいろと規格があると思いますが、どのミリQ水を使っているのでしょうか?
分画分子量13,000 のUF膜を通すバイオタイプであれば、直前までコンタミしていたとしてもssDNA 約40mer以上のコンタミがカットできるので、PCRへの影響はわずかだと思いますが。


ただ、気になるのは、環境中の微生物が対象で、ラボ内に検出対象がある(培養している?)ということですよね。
ミリQ水の採水孔はどのように管理しているのでしょうか?
また、採水は無菌的に行なえるのでしょうか?
オートクレーブの有無よりも、そこの管理の有無の方が影響が大きいと思いますけど。

微量にコンタミした菌が増えないように殺しておく、という意味ではミリQ水もオートクレーブする判断はおかしくは無いと思います。
(500mLをPCR用途だけでコンタミさせずに使い切る自信が無いので、私ならば15mL位のチューブでオートクレーブにかけますが)

(無題) 削除/引用
No.3905-3 - 2011/01/31 (月) 11:16:30 - Boston-Pullman
他のラボメンバーとシェアしなければ、PCRチューブも滅菌しなくてよいです。

PCRに使用する水は極わずかなので、私はモレキュラーグレードの水を購入して、分注後、マイナス20で保存しています。1Lあればかなり持ちます。安いですし。

(無題) 削除/引用
No.3905-2 - 2011/01/31 (月) 11:02:45 - TK-1
PCR目的ならオートクレーブをする必要はありません。

分子生物学で用いるミリQ水をオートクレーブの必然性 削除/引用
No.3905-1 - 2011/01/31 (月) 10:47:13 - トト
ミリQ水製造装置から出てきた水をオートクレーブする必要があるかどうか疑問に思っています。用途はPCRです。検出対象は環境中に存在する微生物のDNAで、現在の系の検出感度は数分子のDNAだと思われます。

従来は、メディウムビン500mlをよく洗い、DWでリンス後、ミリQ水を採取し121度、20分していました。

今後は、新品のファルコン50mlに直接ミリQ水を採取してPCRに用いればいいのではないかと、疑問を抱きながら考えています。

大学の研究室ではオートクレーブすることが常識と教えられましたが、1)オートクレーブ釜で検出対象の微生物の滅菌処理を大量におこなっていること、2)オートクレーブではDNAが完全に分解されないこと、から、却ってミリQ水が汚染されるのではないかと疑問に思いました。

基本的な質問ですいませんが、皆様のご意見を参考にさせて下さい。よろしくお願い致します。

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