全4件 ( 1 〜 4 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

(無題) 削除/引用 No.3920-4 - 2011/02/05 (土) 08:22:12 - kouzou 考えても実際どうなるかわからないので、結構難しい話だと思います。 例えばドメインが4個あって、それぞれがヘリックスなり特に二次構造をとらないアミノ酸からなるスペーサーでつながっているとして、N末とC末はスペーサーのどこで切ってもそれほど影響はないと予想できますが、ドメイン2を削ったときに、ドメイン1とドメイン3のつなぎ目が短すぎてドメイン3以降のフォールディングとか目的のタンパク質との結合を阻害した場合に、ドメイン2が結合ドメインだ、としてしまうのは早合点になりますよね。 その場合、スペーサー配列が短すぎたり遊びが少ないと適切な構造をとれない可能性があるので、比較的自由度が高いスペーサー配列をいれるか、もとのスペーサーを残すかした方がよいのでは、と思います。 なので、ヘリックスの途中で切ったとしても、ドメイン間に十分な長さで適切なスペーサー配列があれば問題ないし、逆にヘリックスを残しても、自由度がなければ問題になるような気がします。 GFPとかの融合タンパク質の作成と似てますね。 結局、やってみなければわからないので、答えはないんですが…

(無題) 削除/引用 No.3920-3 - 2011/02/03 (木) 21:20:09 - Actias 取り合えずというなら、cDNAを2箇所で切断でき、再結合してフレームが合う組み合わせで試してみるのが手軽。タンパク構造は無視してやるならの例。

(無題) 削除/引用 No.3920-2 - 2011/02/01 (火) 15:34:58 - Boston-Pullman 全部で何個の変異体を作りたいのかにもよる(full-lengthのアミノ酸数)のですが、 ホモログや同じファミリーに属するたんぱく質とのホモロジーも考慮すべきです。

欠失変異体作製について 削除/引用 No.3920-1 - 2011/02/01 (火) 14:47:22 - auoy 現在試験管内でのタンパク結合実験を行っております。 そこで、片側のタンパクの欠失変異体との結合実験を行うことにより 結合領域を同定しようと考えています。 質問させて頂きたいのは、欠失変異体作製で考えるべきこととして、 �@ドメイン、またはモチーフのような単位で区切る。 というのは通常行われていると思うのですが、 �@に加えて �A２次構造予測から区切りのいいところで区切る。 （例えば、へリックス構造の途中で区切るのではなくてへリックス構造が終わっているところまでで区切る……伝わりますかね？稚拙で申し訳ありません。） というのは欠失変異体作製では当たり前の考えなのでしょうか？ ご意見よろしくお願いします。

全4件 ( 1 〜 4 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

パスワードを入力してチェックした記事を

チェックした記事を

---