現在、あるタンパク質をコードする遺伝子の探索しています。
タンパク質の部分配列が明らかになっており、そこから設計したプライマーを用いてコードする遺伝子を釣ろうと試みています。
しかし、シーケンスの波形データが重なっていたりきれいに出ません。
流れは
1.タンパク質のアミノ酸配列から作成したプライマーでPCRを行う
2.得られた産物をpT7-Blueベクターにインサートして大腸菌に取り込ませる。
3.コロニーPCRでインサートされている遺伝子サイズを確認
用いたプライマーはR20とM13です。
4.得られたコロニーPCR産物をDNAシーケンス
ラボにシーケンサーが無いために外注しています。
解析可能な波形データも得られるのですが、約半分の確立で波形データがグｙタグチャです。
アガロースゲルでの電気泳動では全てのサンプルが単一バンドでした。
教えていただきたいのは、安定してきれいな波形データが得られるような実験系にするのに改善の余地のある箇所を教えていただきたいです。
あまり掲示板などでの質問に慣れていないため、長文かつ読みにくい文章になってしまい申し訳ありません。
また、不足している情報などもありましたら、ご指摘お願いします。 |
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