研究者のためのコンピュータフォーラム

  • 研究者同士のコンピュータに関する情報交換の場です。
  • 新しいテーマで話を始める場合、質問をする場合は「新しいトピックを作る」から書き込みをしてください。
  • 質問に対して解答できる方は是非、書き込んで下さい。
  • このフォーラムにふさわしくないと管理人が判断した投稿は予告なく削除します。

新しいトピックを作る | トピック一覧 | 研究留学ネットに戻る

このスレッドをはてなブックマークに追加このスレッドをはてなブックマークに追加

Genome Assembly トピック削除
No.234-TOPIC - 2006/11/01 (水) 13:47:21 - take
はじめまして。

 約200万ファイルのワンパスシーケンスの結果(1シーケンス/ファイル)をアッセンブルし、遺伝子領域を予測したいと思っております。

@アッセンブルについて
 当初Atlasを使おうと思っておりましたが、どうやらPhrapを要求するようで、コマーシャルユーザーである私には使うことが出来なさそうです。またTigrのAMOSも見つけたのですが、開発途中のようなのです(一応完成はしているようなのですが)。
 どなたか信頼性が高くて、実績もあり、そこそこ早いソフトをご存知ありませんでしょうか。

A遺伝子領域の予測について
 いろいろなソフトがありますが、実績という面で調べきることが出来ません。良く使われているという面で、ご存知のソフトをご紹介頂けませんでしょうか。出来れば、アウトプットとして、予測した遺伝子領域の配列のみをMultiFastaで出力出来るようだと非常に助かります。
 
- このトピックにメッセージを投稿する -



4件 ( 1 〜 4 )  前 | 次  1/ 1. /1


Genome Assembly 削除/引用
No.234-4 - 2006/11/02 (木) 13:36:57 - take
うーんとさん

 お返事ありがとうございます。

 すみません。正確には「フリーではない」という事なのです。コマーシャルユーザーなので買うべき‥とのご指摘を頂くかも知れませんが、出来ればフリーソフトでやりたいという事なのです。

 100万円もすると稟議をあげたり、もろもろの手続でかなり時間がかかってしまうのです。でも、お金を払ってもこれでやるべきで、フリーでは良いのはないという事であれば、そうするつもりなのですが。。。

(無題) 削除/引用
No.234-3 - 2006/11/02 (木) 00:33:05 - う〜んと
コマーシャルユーザだから使えないというのは何かの勘違いでは?
http://www.phrap.org/consed/consed.html#howToGet

Genome Assembly 削除/引用
No.234-2 - 2006/11/01 (水) 13:51:19 - take
すみません。ちなみにショットガンシーケンスの結果になります。

Genome Assembly 削除/引用
No.234-1 - 2006/11/01 (水) 13:47:21 - take
はじめまして。

 約200万ファイルのワンパスシーケンスの結果(1シーケンス/ファイル)をアッセンブルし、遺伝子領域を予測したいと思っております。

@アッセンブルについて
 当初Atlasを使おうと思っておりましたが、どうやらPhrapを要求するようで、コマーシャルユーザーである私には使うことが出来なさそうです。またTigrのAMOSも見つけたのですが、開発途中のようなのです(一応完成はしているようなのですが)。
 どなたか信頼性が高くて、実績もあり、そこそこ早いソフトをご存知ありませんでしょうか。

A遺伝子領域の予測について
 いろいろなソフトがありますが、実績という面で調べきることが出来ません。良く使われているという面で、ご存知のソフトをご紹介頂けませんでしょうか。出来れば、アウトプットとして、予測した遺伝子領域の配列のみをMultiFastaで出力出来るようだと非常に助かります。

4件 ( 1 〜 4 )  前 | 次  1/ 1. /1


パスワードを入力してチェックした記事を チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する
名前 
メール   アドレス非公開
   タイトル 
本文      
設定  クッキーを保存(次回の入力の手間を省けます)
上に上げない(トピックの一覧で一番上に移動させません)
解決(問題が解決した際にチェックしてください)
暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。
送信 

〔使い方〕
  • 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。
  • 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。
  • 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。